Единство веры, воодушевлявшее политику Фердинанда и деятельность инквизиции, понималось далеко не одинаково представителями светской и духовной власти: в то время как первые разумели под ним исповедание всеми жителями государства одной и той же религии, вторые в единстве веры видели строго тождественное исполнение всеми христианами известных религиозных обрядов, вытекающее из одинакового у всех религиозного миросозерцания. Различие взглядов обеих властей сводилось, таким образом, к тому, что Фердинанд ограничивался требованием формальной принадлежности всех подданных к христианству, а инквизиция требовала присоединения к христианству по существу, внутреннего слияния с ним.
Инквизиция, дочь католического Рима, не знала других подданных, кроме католиков. Для испанского короля существовало испанское государство, для испанской инквизиции — только католическая Испания; евреи и мавры находились для нее словно вне Испании и не составляли органической ее части, а евреи и мавры, принявшие христианство, существовали под вечным подозрением. Казалось, что инквизиция делит жителей страны на две категории — на тех, кто достоин попечения о себе, и на тех, кто стоит вне закона.
Этим объясняется, почему с введением инквизиции в Испании остановился рост числа новообращенных. Если до этого формальный переход в христианство был связан для евреев с перспективой занять хорошо оплачиваемое или влиятельное положение в стране, если раньше он давал гарантии спокойной и мирной жизни, то теперь он означал для них вступление в класс людей, который, не удовлетворяя требованию о чистоте крови, подвергался чаще других преследованиям и вечно находился под дамокловым мечом обвинений в иудейской ереси.
Положение новохристиан при инквизиции стало во много раз хуже положения евреев, которые в качестве нехристиан не подлежали ведению инквизиции, если только не занимались прозелитизмом и не оскорбляли христианской религии, а потому неудивительно, что они не спешили становиться христианами. Этим, однако, подрывались основы политики Фердинанда, задавшегося целью иметь одну религию в пределах единого государства. Между инквизицией и светской властью возник, таким образом, конфликт на почве еврейского вопроса.
Конфликт этот носил тем более своеобразный характер, что, по существу, обе стороны одинаково были заинтересованы в возможно большем переходе евреев в христианство. Для устранения его необходимы были решительные меры, причем, разумеется, и мысли не возникало, чтобы отказаться или даже смягчить надзор инквизиции над новообращенными. Следовательно, возникла идея направить внимание в другую сторону — значительно ухудшить положение евреев, чтобы принудить их массами переходить в христианство, несмотря на опасность очутиться в качестве новообращенных в тисках инквизиции.
Но правовое положение евреев было настолько тяжелым, что трудно было придумать какие-либо новые ограничения, и сам собой всплыл вопрос об изгнании их из Испании. Уже в 1481 году, то есть почти одновременно с введением инквизиции, появился эдикт Изабеллы об изгнании евреев из Андалузии, где их было больше, чем в других местах Испании.
Эдикт этот не был приведен в исполнение; во всяком случае, в 1484 году в Андалузии, как это видно из буллы Сикста IV, евреи жили беспрепятственно. Не возымел эдикт действия, вероятно, потому, что в то время Фердинанд вел борьбу с маврами из-за Гранады и нуждался в еврейских деньгах.