Характерно, что в указе не говорится о том, что изгнание может быть отменено переходом в христианство. В действительности, однако, крещение спасало от изгнания, и мавры тысячами принимали христианство. Так, в Авиле крестилось все мусульманское население поголовно, и ни один не был оттуда изгнан; то же можно сказать и о населении Бадахоса. Новообращенные получили название морисков; отныне Гранада, Андалузия, Кастилия и Леон не знали более ни мавров, ни мудехаров; здесь вместе с «настоящими» испанцами жили мориски, которые в той же мере напоминали мавров, в какой мараны — евреев.
При крещении маврам было обещано в течение первых сорока лет не подвергать их преследованиям инквизиции на том основании, что они недостаточно хорошо усвоили начала христианской религии и их прегрешения могут объясняться не столько злой волей, сколько обыкновенным незнанием.
На деле, однако, освобождение морисков от инквизиции оказалось пустым звуком, и уже в 1507 году великий инквизитор выработал ряд инструкций в их отношении; при этом всякий должен был доносить инквизиторам об известных ему случаях тайного соблюдения мусульманских обрядов. С этого времени среди обвиняемых и предаваемых смертной казни и другим наказаниям преступников все чаще фигурируют крещеные мавры.
После подавления восстания в Гранаде там наступило затишье, и в течение свыше двадцати лет инквизиционный трибунал, который сюда был перенесен из Хаэна, ограничивался немногими жертвами. В 1532 году генерал-губернатор провинции маркиз Мондехар даже обратился к королю Карлу I (он же император Священной Римской империи Карл V) с просьбой ликвидировать трибунал из-за отсутствия для него поля деятельности. Супрема восприняла просьбу Мондехара с негодованием, трибунал сохранили, и, оправдывая свое существование, он энергично взялся за морисков. Таким образом, губернатор, сам того не желая, спровоцировал гонения на морисков. Денежные штрафы и конфискации налагались в основном за старые вины. Супрема заявила, что все виновные могут покаяться в своих грехах и тем самым избежать наказания, но исповедь должна быть сделана не на ухо священнику, как обычно, а в письменном виде и засвидетельствована нотариусом, то есть в будущем она могла быть предъявлена в суде. Мориски, поддерживаемые маркизом Мондехаром, обратились к Карлу с просьбой об общем прощении без необходимости предварительной исповеди, но в этом им было отказано. В 1543 году мориски пообещали внести в королевскую казну 27 000 дукатов, если только их освободят от необходимости каяться, но великий инквизитор отверг это предложение. Тогда ставки были подняты: в октябре того же года мориски посулили Карлу I 120000 дукатов, и эта сумма весьма понравилась королю. Великий инквизитор и Супрема, однако, продолжали стоять на своем. Между Карлом и инквизицией произошел спор, который давал морискам некоторую надежду, и в течение нескольких последующих лет они слали депутацию за депутацией то к генерал-губернатору Гранады, то к Карлу.
После отречения в 1556 году Карла от испанского трона мориски отправили депутацию уже к Филиппу II. Они жаловались, что из всех данных им обещаний ни одно не исполнено, и просили гарантий от конфискаций, открытого судопроизводства инквизиции и возможности для всех неосведомленных в религии обучаться догмам христианства. За это мориски предлагали единовременно предоставить на нужды инквизиции 100 000 дукатов и вносить по 3000 дукатов ежегодно. Супрема, однако, не только не дала на это своего согласия, но еще суровее стала преследовать морисков, в особенности с возобновлением в 1565 году старого закона о лишении феодалов права давать убежище бегущим от инквизиции. После этого началось расследование, не являются ли живущие на дворянских землях мориски или их предки беглыми еретиками; оно привело к многочисленным арестам. С 1 января 1567 года вступил в силу закон, запрещавший говорить, читать и писать по-арабски, все документы на арабском языке теряли силу, а мориски в течение трех лет обязаны были научиться испанской грамоте. Все арабские книги следовало выдать члену Супремы Педро де Десе, назначенному надзирать за морисками. Этим же законом запрещалась любая одежда, сшитая по арабской моде, — шелковая одежда должна была быть изношена в течение одного года, другие платья в течение двух лет; женщинам запрещалось носить покрывало на лице. Помолвки и свадьбы предписывалось совершать только согласно католическим обрядам; двери домов, где происходили свадебные, религиозные или иные церемонии, следовало держать открытыми. Не разрешались никакие арабские имена или прозвища. Все арабские бани, публичные и частные, приказано было уничтожить. И т.д.