В 1578 году бездетный португальский король Себастьян I погиб в Северной Африке, и королем был провозглашен великий инквизитор кардинал Энрике. Через два года он умер, и корона — на праве законного наследования как внуку португальского короля Мануэла — досталась Филиппу II. Возникло единое государство, единство которого, с одной стороны, было в значительной степени формальным, но с другой — не могло не отразиться на деятельности инквизиции, которая отныне рассматривала весь Пиренейский полуостров как территорию, подвластную своей юрисдикции. Поле деятельности представлялось громадным: в Португалии жило множество новохристиан, не успевших пройти еще, подобно своим братьям из Испании, через очистительное горнило инквизиционных трибуналов и потому стоящих гораздо ближе к старой вере, от которой они насильственно были оторваны несколько десятков лет. И уж во всяком случае, ничто не ограничивало деятельность инквизиции в отношении тех португальских новохристиан, которые, пользуясь установившейся свободой передвижения между двумя странами, стали приезжать в Испанию. Можно сказать, что приток маранов из Португалии в Испанию резко изменил начавшуюся было примирительную политику инквизиции по отношению к евреям.
То, что такая политика имела место, всего лучше видно из официального доклада, представленного в 1595 году Супреме епископом Хуаном Баутистой Пересом. Он утверждал, что инквизиция справилась со своей задачей, что оставшиеся после эдикта 1492 года в Испании евреи сделались добрыми христианами и что, за редким исключением, везде уже забыт Моисеев закон. Хуан Баутиста Перес предлагал смягчить надзор над маранами — на том основании, что имевшийся, если можно так выразиться, запас в Испании иудейской ереси пришел к концу и они прониклись христианскими мыслями и чувствами.
Но португальские мараны дали инквизиции новую обильную пищу и оправдали утверждения тех, кто не допускал мысли об ослаблении ее деятельности. Со времени унии Испании и Португалии они составили важный предмет заботы инквизиции, и их именами запестрели печальные страницы отчетов инквизиционных трибуналов.
Но прежде чем говорить о событиях, которые последовали за унией, следует сказать несколько слов о португальских маранах. В главе «Изгнание евреев» мы говорили о том, какой прием оказал испанским изгнанникам португальский король Жуан II, который сначала открыл евреям границы своего государства, а затем подверг их таким жестоким преследованиям, каких им не приходилось испытать даже в Испании. Однако репрессии эти касались одних лишь испанских выходцев; на португальских же евреев они не распространялись, и лишь в 1495 году, когда Жуан II уже страдал психической болезнью, он в припадке сумасшествия решил одномоментно принудить всех евреев Португалии принять христианство. Миссионером в этом деле, по замыслу короля, должен был стать «мудрый еврей», семидесятилетий Иосиф бен-Давид Ибн-Яхья, который своим публичным и торжественным крещением подал бы пример остальным евреям. Жуан пригласил к себе старца и пообещал ему в случае крещения город Браганцу, а за отказ от повиновения угрожал смертью. Но Иосиф вместе с тремя сыновьями тут же бежал из Лиссабона, и миссионерская задача осталась без подходящей кандидатуры. 25 октября 1495 года Жуан II умер, не успев реализовать свою идею на практике.
На престол вступил король Мануэл I, который отменил обязательное посещение евреями христианских проповедников и дал евреям ряд других послаблений. Так, например, он освободил из рабства испанских евреев, в которое они были обращены Жуаном II за то, что не покинули вовремя пределов Португалии.
Всего год спустя, однако, в его отношении к евреям произошла резкая перемена, вызванная политическими соображениями. Надеясь в будущем возложить на себя корону Испании, Мануэл собрался вступить в брак с дочерью Фердинанда и Изабеллы — недавно овдовевшей Изабеллой. Фердинанд соглашался на этот брак только под условием заключения оборонительного и наступательного союза против Франции и изгнания из пределов Португалии всех евреев — как испанских, так и португальских. На последнем особенно энергично настаивали обе Изабеллы — мать и дочь. Непоколебимая воля молодой Изабеллы и решила участь евреев, хотя сам Мануэл, видимо, сильно колебался и передал условия, выдвинутые Фердинандом, на рассмотрение государственного совета, где произошли чрезвычайно горячие дебаты, в которых сторонники и противники изгнания евреев разделились поровну. Как бы то ни было, 4 декабря 1496 года король издал эдикт об оставлении евреями пределов Португалии.