Когда Мануэл, находившийся в то время вне столицы, узнал о лиссабонских событиях, он приказал строго наказать виновных. Главные зачинщики погрома, 46 или, по другим данным, 47 человек, были повешены, еще нескольких четвертовали и обезглавили; два доминиканских монаха, подавшие сигнал к убийствам, были задушены, и тела их сожгли; лиссабонские обыватели, признанные виновными в грабежах и убийствах, были подвергнуты телесному наказанию, а имущество их конфисковано; у должностных лиц, не препятствовавших погрому, конфисковали пятую часть имущества; сам город Лиссабон, пользовавшийся привилегиями и особым титулом, был лишен на три года всего этого, у него также было отнято право самоуправления.
Мало того, король, словно мучимый угрызениями совести, издал 1 марта 1507 года эдикт, в силу которого маранам было дано право в любое время оставлять пределы Португалии, переправлять за границу свое имущество и деньги; этим же эдиктом Мануэл отменил все ограничительные меры по отношению к маранам и уравнял их с прочими христианами. 13 марта король возобновил привилегию, данную маранам 30 мая 1497 года, и обещал им, что в течение еще двадцати лет их не будут привлекать к суду по обвинению в ереси. Это обещание было подтверждено им 21 апреля 1521 года, причем двадцатилетняя свобода от преследования за религиозные преступления должна была отсчитываться со дня последнего обещания, то есть фактически к предыдущим двадцати годам были прибавлены новые двадцать. При этом защита королем прав новохристиан вызывала крайнее раздражение черни и духовенства. Чтобы умиротворить их, Мануэл в 1512 году распорядился о прекращении преследований участников лиссабонского погрома, а в 1521 году, незадолго до смерти, снова запретил маранам, под угрозой конфискации имущества, покидать Португалию. Но в целом до вступления на престол его сына и преемника Жуана III (1521—1557) жизнь маранов была защищена, и Португалия считалась убежищем для новохристиан.
Жуан III в отличие от отца был религиозным фанатиком, всецело находившимся под влиянием духовенства. Став королем, он поручил произвести тайное следствие о религиозной жизни маранов. Крещеный еврей Энрике Нунес, который прежде исполнял на Канарских островах обязанности инквизитора, получил задание притвориться человеком, преданным иудейству, и войти в близкое сношение с наиболее видными маранскими семьями. О результатах проведенного таким образом следствия королю был представлен доклад, в котором говорилось, что мараны лишь по форме христиане, а на самом деле они — иудеи, а потому с ними следует поступать так, как поступают с еретиками. Нунес в своих отчетах предлагал ввести инквизицию.
Отчеты Нунеса не только были наполнены самыми злостными нападками на маранов, но и, что вызвало у них ужас, содержали поименный список всех тайных иудеев; среди них был и родной брат Нунеса. Два марана, Диого Вас и Андреас Диас, решили отомстить ему. Переодевшись в монашеское платье, они в июле 1524 года подобрались близко к Нунесу и закололи его; в ноябре того же года их казнили. После убийства Нунеса в стране стали требовать наказать маранов; особенно неистовствовало духовенство. Еще один повод к выступлениям против маранов дал невесть откуда возникший «представитель» мнимого еврейского царя, авантюрист Давид Реубени, который окрылил их россказнями о существующем будто бы в Палестине большом еврейском государстве; многие, наслушавшись его, стали почти открыто исповедовать иудаизм. Но, с другой стороны, речи Реубени, слухи о которых дошли до короля, приостановили осуществление задуманных Жуаном III жестоких мер в отношении маранов, так как португальскому королю пришло в голову с помощью еврейского царя нанести удар турецкому султану Сулейману II, завоевавшему в 1521 году Египет.
Реубени, однако, в конце концов разоблачили как злостного выдумщика, и король велел своему представителю в Риме Брасу Нето вступить в переговоры с папой Климентом VII о введении в Португалии инквизиции по примеру Испании. Все это делалось под большим секретом, так как Жуан III опасался, что мараны покинут Португалию, когда узнают, что в ней будут действовать инквизиционные трибуналы. В самом начале переговоров Нето наткнулся на оппозицию: влиятельный при папской курии кардинал Лоренцо Пуччи заявил, что королем руководит не желание очистить Португалию от еретиков, а желание воспользоваться имуществом маранов. Таких корыстных целей курия, по мнению Пуччи, не должна была поддерживать. Не исключено, что кардинал всего лишь выражал мнение папского престола, который сам надеялся обогатиться за счет португальских маранов. Словом, спор папы Климента VII с Жуаном III в 1531 году сильно напоминал спор в 1478 году Сикста IV с Фердинандом Католиком.