После долгих пререканий, свидетельствовавших о нежелании ни той, ни другой стороны отказаться от богатой добычи, 17 декабря 1531 года папа наконец подписал бреве, коим назначил главным инквизитором Португалии исповедника короля францисканца Диого да Сильва. 14 июня 1532 года был опубликован гибельный для маранов закон, после появления которого возникало лишь два вопроса: кто воспользуется богатством маранов и где будут их сжигать. При таких обстоятельствах, пока закон не вступил в силу, маранам ничего не оставалось делать, как действовать подкупом; тем более что имелся человек, готовый отстаивать их интересы и вхожий в самые разные круги. Это был новохристианин Дуарте да Паз — умный, ловкий и энергичный дипломат, неоднократно исполнявший в Риме щекотливые поручения португальского короля. Но под видом преданного своему государю слуги Паз в действительности вел искусную интригу в защиту маранов. Он подружился с епископом Марко делла Ровере, папским нунцием в Лиссабоне, и не раз передавал ему от маранов деньги; разумеется, что епископ с какого-то момента стал противиться учреждению в Португалии инквизиции. Затем да Паза вошел в доверие к Диого да Сильве, и тот тоже стал брать от него взятки; дошло до того, что да Сильва в конце концов отказался от своей должности. Когда это произошло, папа под влиянием Марко делла Ровере издал 17 октября 1532 года буллу, которой отменил бреве об учреждении в Португалии инквизиции. Более того, 7 апреля 1533 года в еще одной булле он объявил, что это бреве явилось плодом недоразумения и что люди, которые приняли христианскую веру под влиянием насилия, не должны считаться членами католической церкви, а значит, не могут в силу этого подлежать преследованию за нарушение веры. Исходя из этого, папа отменил все репрессивные меры, принятые против маранов, и возвратил им конфискованные земли. После этого между папой и представителями Жуана, действовавшими от имени короля, произошел конфликт: Климента обвиняли в том, что он унижает таинство крещения, забывает, что собор в Толедо одобрял насильственное крещение арабов королем вестготов Сисебутом (правил в 612—621 годах), и позорит католический мир, так как в Португалии никто не сомневается, что он уступает силе денег, а не внутренних убеждений. В ответ папа пригрозил отлучить Жуана от церкви. В июле 1534 года, чувствуя приближение смерти, Климент VII еще раз написал епископу делла Ровере о недопустимости инквизиционных преследований против маранов. Столь твердая последовательность Климента объяснялась, как говорил впоследствии кардинал Антонио Пуччи папе Павлу III, тем, что Климент, раз получив от маранов деньги, считал необходимым защищать их до конца.
Вступивший на папский престол Павел III не был связан с маранами никакими обещаниями и относился к ним с гораздо меньшим сочувствием, но в целом продолжил политику своего предшественника. При нем между маранами и папским нунцием Ровере было заключено соглашение, по которому мараны обязались заплатить Римской курии 30 000 дукатов, если инквизиция в Португалии будет окончательно отменена. Курия старалась честно заработать свои деньги и представила Жуану ряд предложений в пользу маранов, но португальский король упорно не желал их одобрить. Тогда 2 ноября 1535 года Павел III опубликовал буллу, которой даровалось прощение всем маранам, начатые против них вероисповедные процессы прекращались, конфискованное имущество возвращалось, а все находящиеся в тюрьмах немедленно обретали свободу; были также восстановлены в правах дети осужденных и бежавших маранов. Таким образом, Павел исполнил, как он говорил, свой долг по отношению к маранам. Но тут оплошали мараны, не сдержав своего слова, — вместо 30000 дукатов Марко делла Ровере доставил от их имени в курию только 5000. Папа был взбешен.
Тем временем Жуан III нашел энергичного сторонника в лице императора Карла V. Раздраженный обманом папа уступил давлению императора и 23 мая 1536 года весьма неожиданно для маранов издал бреве, коим ввел в Португалии инквизицию, — с тем, однако, условием, что в течение первых трех лет ее судопроизводство будет вестись согласно существующему в Португалии законодательству и первые десять лет конфискованное у еретиков имущество станет поступать в пользу ближайших их наследников, а не португальской казны. Великим инквизитором был опять назначен уже знакомый нам Диого да Сильва.