Относительно незначительное количество сожженных до 1580 года
Когда произошла уния, Филипп II обратился с просьбой к папе Григорию XIII перевести Португалию под юрисдикцию испанского великого инквизитора. Папа, однако, на это согласия не дал, и португальская инквизиция осталась независимым от Испании учреждением. Правда, Филиппу удалось получить от папы право назначать португальского великого инквизитора, и в 1586 году им стал кардинал Альбрехт Австрийский, который в то же время был и губернатором Португалии. С его прибытием в Лиссабон деятельность здесь инквизиции заметно активизировалась. За двадцать лет, в 1581 —1600 годах, три португальских трибунала устроили, по одним подсчетам, 50 аутодафе, а по другим — 58. Сохранилось 45 отчетов об этих аутодафе; они дают следующую, разумеется неполную, картину:
Следует заметить, что в Испании за эти же двадцать лет состоялось 35 аутодафе, хотя население ее было значительно больше португальского. Интенсивная работа португальских инквизиционных трибуналов требовала немало денег; средств, идущих от конфискации имущества маранов, для покрытия всех расходов не хватало. В 1583 году Филипп жаловался Григорию III, что на нужды трибуналов необходимо не менее 14000 крузадо, тогда как их доходы не превышают 10 000. Чтобы покрыть дефицит, Филипп просил папу предоставить инквизиции доход главнейших церквей Португалии. Папа частично удовлетворил эту просьбу: инквизиция получила половину доходов церквей Лиссабона, Эворы и Коимбры и треть доходов других епископств.
Уния с Испанией привела к быстрому обнищанию Португалии. В 1595 году венецианский посол при лиссабонском дворе Франческо Вендрамини констатирует, что недавно богатый Лиссабон стал очень беден. Короля Филиппа, говорит он, это обстоятельство мало беспокоит. Бедность страны побуждала людей переселяться в Испанию. Потянулись туда и мараны, и это не осталось незамеченным инквизицией. Постепенно португальские мараны становятся фигурантами отчетов испанских инквизиционных трибуналов. В 1593 году толедский трибунал привлек к ответственности семерых выходцев из Португалии по обвинению в иудейской ереси. Их пытали, но они упорно отрицали свою вину; так как против них было лишь одно свидетельское показание, виновность их установить не удалось, и они были оправданы. В 1594 году на аутодафе в том же Толедо пять португальских маранов были сожжены заживо и девять
Богатые мараны в 1602 году затеяли с Филиппом III переговоры о всеобщей амнистии за прошлые грехи. Архиепископы Лиссабона, Браги и Эворы пытались протестовать против намечающейся сделки, но сумма, предложенная маранами, была слишком велика, и их возмущение не было принято во внимание. Король получил 1860000 крузадо, его любимый министр Лерма — 50000, еще 100000 крузадо достались двум членам и секретарю Супремы. Мараны, чье богатство оценивалось тогда в 75—80 миллионов крузадо, сравнительно легко перенесли этот внеочередной налог. Еще до опубликования эдикта о всепрощении король отменил большое аутодафе, назначенное в Севилье на 7 ноября 1604 года, а 16 января 1605 года три португальских трибунала выпустили на свободу 410 маранов. После вступления в силу эдикта все португальские новохристиане, где бы они ни жили, были примирены с церковью; для этого им был дан срок милосердия в один год. Все конфискованное у еретиков имущество, если только оно не было продано и не поступило в королевскую казну, подлежало возврату владельцам.