Пример Англии, совершенно отпавшей от Рима, видимо, пугал Павла, и он, оставив попытки подчинить Жуана своей политике, начал вести с ним переговоры относительно дележа богатства, конфискуемого у маранов. Его предложение сводилось к тому, чтобы в течение определенного времени все делить поровну. Жуан ответил на это, что никогда не руководствовался в своих действиях материальными выгодами, но поровну делить богатства еретиков отказался, соглашаясь уступить папе лишь их четверть и на срок не более трех лет. Тогда, желая расположить к себе Жуана, папа предложил инфанту Энрике стать кардиналом, но король вместо благодарности с иронией заявил, что папа дает кардинальскую шапку тогда, когда об этом его не просят, и, наоборот, отказывает в ней, когда в этом нуждаются. Энрике, однако, быть кардиналом согласился. Он уже видел себя в этом качестве на большом аутодафе, но с этим вышла незадача: папа назначил вместо Липпомано нового нунция в лице Джованни Риччи да Монтепульчиано и распорядился, чтобы до его прибытия не предпринималось никаких процессов против новохристиан. Прибытие да Монтепульчиано все время что-то задерживало, и, таким образом, со второй половины 1544 по 1548 год в Португалии не было ни одного аутодафе.
Все это время между Римской курией и Лиссабоном шли переговоры, во время которых каждая сторона старалась извлечь для себя больше выгод: папа, столько раз пользовавшийся деньгами маранов, не желал выдавать их в руки инквизиции, король же настаивал, чтобы инквизиция в Португалии была такой же независимой от папского престола, как и в Испании. Только летом 1547 года стороны пришли наконец к соглашению. Маранам даровалось полное прощение за прошлые грехи, все арестованные выпускались на свободу, конфискованное имущество возвращалось хозяевам, дети прежде осужденных не подлежали никаким правовым ограничениям, а впавшие до сего времени вторично в грех не считались рецидивистами — их следовало рассматривать как обычных еретиков, которых покаяние может спасти от костра. Одновременно объявлялись недействительными все индивидуальные охранные грамоты, купленные отдельными маранами у курии с целью освободить себя от преследований инквизиции; отныне эти индульгенции подлежали отсылке в Рим и не могли быть предъявлены инквизитору в качестве защиты от ареста.
Все предыдущие ограничения деятельности португальской инквизиции, объявленные как Павлом III, так и его предшественниками, отменялись. Португальскому великому инквизитору предоставлялась полная свобода действий по отношению к привлекаемым за ересь лицам, то есть никакие действия теперь он не должен был согласовывать с Римом. Папа, правда, счел своим долгом еще раз напомнить королю о необходимости мягкого отношения к новохристианам и просил Жуана дать им при желании по крайней мере в течение одного года возможность покинуть страну, но король твердо отказал. Таким образом, мараны, формально получив прощение за все, совершенное в прошлом, на деле оказались в полной власти инквизиции.
Уже 10 июля 1548 года в Лиссабоне состоялось первое после соглашения с Римом аутодафе; за ним последовало еще два в Эворе. Однако поставить аутодафе на поток, как мечтал Жуан, не вышло. Дело в том, что Павел III — видимо, испытывая угрызения совести за вероломство, совершенное в отношении маранов, — за несколько месяцев до смерти в ноябре 1549 года предоставил им привилегию, сводившуюся к тому, чтобы в процессах против них лишь в исключительных случаях не публиковались имена свидетелей. 13 августа 1550 года Жуан III отправил на имя нового папы Юлия III протест против этой привилегии, заявляя, что она подрывает деятельность инквизиции, ибо, как мы знаем на примере инквизиции испанской, очень многие обвинения строились на тайных доносах. Рим отреагировал на этот протест с большой задержкой, и лишь в 1560 году папа Пий IV отменил бреве Павла III. Этим объясняется сравнительно незначительное количество аутодафе, равно как и число жертв инквизиции, в период с 1548 по 1580 год, которым отмечена уния Испании и Португалии: