Из Киева 13 ноября 1806 года он рапортует Александру I: «Прибыв в город Киев по высочайшему Вашему императорского величества повелению, вступил в отправление возложенной на меня должности Киевского военного губернатора. Рапорт о состоянии войск Киевского гарнизона всеподданнейше Вашему императорскому величеству представляю. Генерал от инфантерии Голенищев-Кутузов».
Несмотря на то, что ему было вверено управлять и гражданской частью, это выглядело почетной ссылкой, поэтому его зятья и друзья советовали подать в отставку – все-таки генералу минуло 60 лет. Но в Киеве встретили его удивительно трогательно, дорогу усыпали цветами, а на следующий день, как и положено, был торжественный обед. Вступив в должность, Михаил Илларионович незамедлительно стал уделять внимание всем сторонам гражданского управления. Не вникая в суть всех уголовных и тому подобных дел, он, в случае жалобы притесненного в суде или невинно осужденного, тщательно разбирался и добивался справедливости. Более всего не терпел взяточничества и принимал всевозможные меры по восстановлению безопасности в городе, что было достаточно сложно, особенно во время Контрактовой ярмарки. Помещики-поляки, привыкшие к разгулам, со всей шляхетской беспечностью, щедро заплатив за квартиры, считали их своей собственностью. Постоянно находясь в пьяном угаре, они неосторожно обращались со свечами, что нередко приводило к пожарам. По распоряжению Кутузова были учреждены караулы и посты из обывателей, наблюдающие за соответствующими улицами и домами. Строгий контроль за исполнением ими обязанностей был возложен на полицию, а полицеймейстер каждое утро докладывал об этом губернатору. Благодаря таким мерам предотвратили различные буйства и беспорядки, мешавшие спокойствию в городе. 1 декабря 1806 года Кутузов пишет гражданскому губернатору П. П. Панкратьеву о принятии мер против воровства: «Получая сведения о случающихся в здешнем городе ежемесячных кражах и не видя успеха в отыскании самих воров, считаю обязанностью принять такие меры, которые отвратили бы общее сие зло и доставили жителям безопасность». Далее Михаил Илларионович предлагает, чтобы обыватели каждых 10 домов выделили своего десятского для дежурства по ночам.В 1807 году успехи французов в Европе побудили киевских поляков к неповиновению. Они публично, не стесняясь окружающих, ликовали, узнав о победах Наполеона, в армии которого было много земляков, и надеялись с их помощью восстановить независимую Польшу. Православное население Киева, видя грозящую опасность, пришло в уныние, граница Российской империи с покорившейся Франции Австро-Венгрией проходила недалеко от нашего города, что и стало одной из причин назначения на этот пост Кутузова, достаточно изучившего австрийцев за время совместных военных кампаний. Он, зная существующий порядок вещей, успокоил граждан Киева, объявив, что опасности нет, и что «во всех случаях долг его печься об их благоденствии, личной и общественной безопасности».
Население, ощутив явную заботу, успокоилось. Проживал М. И. Кутузов в доме генерал-губернаторов, возведенном во второй половине ХVIII в. и сохранившемся до наших дней (ул. Лаврская, 26).В то время Россия находилась в состоянии войны с Турцией. В сентябре 1807 года главнокомандующий Дунайской армией, престарелый князь А. Прозоровский, попросил императора назначить Кутузова его помощником: «…он почти мой ученик и мою методу знает».
Вследствие этого ходатайства Кутузову повелели отправиться в Дунайскую армию для помощи старику-фельдмаршалу. Вскоре Прозоровский умер.Во время отъезда из Киева в апреле 1808 года Кутузов увидел, насколько жители были огорчены прощанием с любимым губернатором. Один из первых и лучших экскурсоводов по городу И. М. Скуленко всегда подчеркивал, что благодаря Кутузову Александровский спуск соединил Подол с Крещатиком.