В мае 1837 года жандармское управление сообщило, что среди учащихся-поляков распространяются листовки и книги революционного содержания. Было арестовано несколько студентов и проведено дознание. Это взбесило Николая I, который надеялся, что Университет будет готовить кадры, верные российскому самодержавию. Поэтому он не стеснялся в выборе наказаний: «После проведения необходимого следствия виновных студентов посадить в сумасшедший дом, а если замешаны и профессора, то их судить военным судом».
В августе того же года лично специально приехал в Киев, чтобы разобраться в обстановке Университета. В большой аудитории собрали всех учащихся, и он произнес довольно пространную речь. Там было все – крики, оскорбления, унижения. Остановимся на следующих фразах: «Мне необходимы верные сыны престола, мне необходима безграничная преданность, полная покорность и беспрекословное послушание! Знайте, что я пристально буду следить за вами, и горе тому, кто моральными или политическими устремлениями не будет отвечать моим указаниям, я его загоню туда, куда ворон костей не заносит…». Досталось и профессуре: «А вы куда смотрите? Наука наукою, но если не будете обращать внимание на развитие моральных качеств в студентах и политического направления, того, которое я себе представляю, я расправлюсь с вами по-своему». Нужно отметить, что император действительно не шутил. В феврале 1839 года вновь были выявлены члены тайного общества в Университете. По особому распоряжению разгневанного монарха в Киев была направлена следственная комиссия, которая через несколько дней арестовала 115 человек. Скорый суд приговорил 11 студентов к смертной казни. Николай І проявил «милосердие» – их лишили дворянства и направили солдатами на Кавказскую войну. После раскрытия организации «Союз польского народа» император указал закрыть Университет навсегда, но вскоре поменял свое решение – студентов разогнать, а их альма-матер год не функционировала.