Деятельность по заселению и обращению в христианство прибалтийских земель тоже не имела большого будущего. В самом ордене постоянно происходили ссоры между прусским, немецким и ливонским магистрами и между братьями, происходившими из Франконии, Рейнской области и других стран. Например, в Ливонии к 1450 году около 60 процентов братьев были родом из Вестфалии, а около 30 процентов – из Рейнской области. Рыцари кичились своим знатным происхождением, присваивали деньги ордена, в Пруссии они составили могущественную олигархию, которая после 1466 года определяла политику ордена и направляла действия магистра. Все это привело к обмирщению ордена и в конечном итоге к полной секуляризации орденского государства. Государство госпитальеров территориально было намного меньше тевтонского, и для его защиты требовалось, соответственно, меньше людей и средств, да и сам орден госпитальеров был намного гибче и продолжал вести военные действия еще долго после того, как Тевтонский орден отказался от всякого подобия священной войны. В 1525 году последний прусский магистр Альбрехт Бранденбургский перешел в лютеранство, признал себя вассалом польского короля и начал править Пруссией как наследственным светским герцогством. Из пятидесяти пяти братьев, оставшихся в Пруссии, лишь несколько сохранили приверженность католицизму. Немецкое п ливонское отделения Тевтонского ордена просуществовали до 1561 года. Реформация нанесла удар и по ордену госпитальеров, его приорства были распущены протестантскими правителями: в Швеции – в 1527 году, в Норвегии – в 1532, в Дании – в 1536 и в Англии – в 1540.
Процесс национализации испанских орденов начался еще до окончании Реконкисты (которая закончилась в 1492 году). После завоевания Гранады кастильская корона решила положить конец бесконечным спорам между орденами. В 1489–1494 годах король Фердинанд принял на себя управление тремя кастильскими орденами. Со стороны братьев это не вызвало протеста, и был организован королевским совет для контролирования деятельности орденов. Капитулы, выборы и образ жизни в командорствах не претерпели существенных изменений. Калатрава, Монтеса и Авиш сохранили свою связь с орденом цистерцианцев. В 1523 году папа Адриан VI официально объединил кастильские ордена под королевской властью и передал короне магистерство и связанные с ним доходы (достигавшие 110000 дукатов в год, что составляло почти половину всех орденских доходов). Монтеса, и свой черед, была подчинена в 1587 году арагонской короне. Контроль над португальскими орденами, отказывавшимися принимать участие в действиях за морем, тоже перешел к королю, который использовал некоторые их командорства для награждения за верную службу тех, кто сражался с «неверными» в Африке и в Азии. Португальские ордена прекратили свою военную деятельность, но отдельные братья самостоятельно принимали участие в кампаниях против мусульман (на пример, около двадцати восьми из них были убиты или взяты в плен при Алькасаре во время марокканской кампании 1578 года).
С течением времени папские буллы постепенно освободили испанских монашествующих рыцарей от правил на вступление в брак, частную собственность, соблюдение постов, место жительства и молитвенную практику. Корона начала сама вести хозяйство командорств, и многие братья превратились в рантье, сохранявших свое членство к орденах из соображений чести, знатности и карьеры. С созданием же постоянной регулярной королевской армии ценность орденов как поставщиков опытной военной силы упала. В 1536 году Карл V начал дробление владений орденов для финансирования своей деятельности по защите христианства; он продал четырнадцать из пятидесяти одного командорства Калатравы, тринадцать из девяноста восьми командорств Сантьяго и три из тридцати восьми командорств Алькан-тары, в результате чего получил около 1700000 дукатов.