Штаб-квартира ордена святого Стефана находилась в Пизе и имела сооственную морскую академию, а его монастырская церковь была построена по эскизам Джорджо Вазари. Вскоре орден уже насчитывал сотни членов, как тосканцев, так и уроженцев других частей Италии; в 1563–1737 годах им оыло построено не менее 695 командорств Флот ордена базировался в Ливорно и оттуда вел операции по защите побережья и перевозок, а также принимал участие в дальних экспедициях, часто вместе с кораолями госпитальеров. В 1565 году орден послал две галеры на помощь Мальте. Тосканские галеры совершали рейды на африканские берега, в Эгейском море и в районе Кипра. Они были организованы в единую эскадру и добычу делили поровну, но, в отличие от кораблей госпитальеров, галеры ордена святого Стефана не совершали самостоятельных, получастных пиратских набегов (согso). После 1584 года орден святого Стефана сменил объект своего христианского пиратства, и теперь экспедиции, в основном, совершались не в западное Средиземноморье, а в более многообещающие районы Леванта. В 1610–1618 годах орден захватил двадцать четыре берберских судна (берберские пираты осели на острове Джерба у берегов Северной Африки и превратили его в мощный центр морского разбоя, терзавший судоходство в этом районе более 300 лет и выступавший на стороне турок) и 1409 рабов на Западе, разграбил несколько городов и захватил сорок девять турецких и греческих кораблей и 1114 рабов в Леванте. Орден святого Стефана воевал вместе с венецианцами в критской войне 1645–1669 годов, но это было последним крупным военным предприятием ордена. В 1737 году должность адмирала была упразднена, а в 1809 году орден был уничтожен Наполеоном. В том же году Наполеон отобрал у Тевтонского ордена его немецкие земли, штаб-квартира ордена переехала в Вену, и все надежды на возрождение Тевтонского орденского государства и возобновление военных действий рухнули навсегда.
В 1568 году Козимо Медичи попытался включить госпитальный орден святого Лазаря в орден святого Стефана, но в 1572 году папа присоединил часть ордена святого Лазаря к ордену святого Маврикия, великим магистром которого был герцог савойскйй Эммануил Филиберт, причем пост магистра в этом ордене был наследственным; в обязанности же ордена входило содержание двух галер; и действительно, две его галеры участвовали в Тунисской кампании в 1574 году. Однако после 1583 года орден святого Маврикия прекратил всякую военную деятельность. В 1459 году папой Пием II был основан Вифлеемский орден. Немногочисленные братья этого ордена под руководством магистра Даимберто де Амороза собирались защищать эгейский остров Лемнос, но после захвата его турками переехали на Сирос и построили там в 1464 году странноприимный дом. После отвоеванпя Лемноса венецианцами в том же году Вифлеемский орден вернулся обратно на остров, но тот снова попал в руки турок в 1479 году, и после этого орден прекратил свое существование. Много позднее, в 1619 году, герцог мантуанский и неверский Карл Гонзага помог папе организовать новый орден – Оrde de la Milice Chr'etienne («орден христианских рыцарей»), предназначенный для борьбы с турками и с немецкими протестантами. В 1623 году папа Урбан VIII превратил его в настоящий военно-монашеский орден. Появились итальянские и немецкие отделения ордена, были собраны деньги и создан флот, но ни в одной военной операции этот орден так и не участвовал.