После 1561 года Мальтийский орден продолжал оставаться активной и независимой военной организацией. Им управляли закаленные в боях, опытные воины. В 1540 году магистр Жан де да Валлетт попал в плен и пробыл у мусульман больше года. В 1565 году мальтийские рыцари сумели отбить турок, что придало им уверенности, и тут же начали строительство нового города – Ла-Валлетты – и системы фортификаций вокруг главной гавани. Остров превратился в мощный бастион, угрожавший стратегическим коммуникациям между Стамбулом и Александрией, которые были столь необходимы мусульманам для войны на фронтах Египта, Туниса. Алжира и Марокко. Массивные новые укрепления, превратившие остров в огромную каменную крепость, делали его практически неприступным, п турки больше не осмеливались нападать на Мальту. Конечно, риск турецкой атаки всегда оставался, и рыцари поддерживали фортификации в идеальном состоянии, окружив ими весь остров. Последнее звено – форт Тинье – было закончено в 1794 году. Фортификационное строительство требовало больших финансовых вложений и увеличения местных налогов, но оно же придавало жителям уверенность в собственной безопасности и создавало рабочие места. Верфи и арсеналы были необходимы для ведения морских кампаний. Экономика острова была очень разнообразной – порты, новые города, больница и карантинная служба, пункты транзитной торговли постоянно расширялись. За сто лет население Мальты и Гоцо увеличилось почти вдвое – от 49500 в 1680 году до 91000 в 1788-м. Разумеется, население периодически бывало недовольно своим правительством, как и везде в Западной Европе, однако с мальтийцами, как п раньше с жителями Родоса, рыцари обращались хорошо, и никаких волнений не происходило. Всем этим успехам способствовало и участие госпитальеров в общеевропейской жизни – их часто можно было встретить при папском, французском, венецианском и других дворах, где они иногда даже занимали светские посты. В Ла-Валлетте была организована морская академия для командного состава, и многие ее выпускники стали офицерами французского флота, но к XVIII веку война на море пошла на убыль, как, впрочем, и сама турецкая угроза.