Папа даже распустил слух, что Фридрих умер на Востоке. Одновременно Григорий IX приказал своим воинам охранять порты, дабы схватить «мертвого» императора. Когда вести о случившемся достигли Палестины, Фридрих засобирался на родину. 1 мая 1229 г. император отбыл на Сицилию, чтобы более никогда не являться в Святую Землю. Хронист Филипп Новарский, впрочем, не слишком расположенный к Фридриху, так описывает его отъезд: «Он уехал позорно. Тайно подготовив свой отъезд, он первого мая, еще до рассвета, никого не извещая, направился к своей галере, стоявшей напротив скотобойни. Но случилось так, что мясники с ближайших улиц стали его преследовать и непристойно забрасывать теплыми еще потрохами». Приближенные императора «услышали шум, прибежали на место и разогнали или арестовали тех мужчин и женщин, которые набросились на императора, а ему, взошедшему уже на галеру, крикнули, что препоручают его Господу Богу. Император им в ответ что-то тихо сказал, но не знаю, хорошее или дурное. Так император и уехал из Акры, поносимый, проклинаемый и ненавидимый».
«Если я забуду тебя, Иерусалим…»
Императору по возвращении удалось силой восстановить свою власть в Италии, даже добиться примирения с папой. 23 июня 1230 г. он заключил с Григорием IX договор в Сан-Джермано. Папа соглашался снять с императора отлучение (официально это было провозглашено 28 августа) и признать заслуги Фридриха в деле крестового похода. Взамен император отказывался от недавних завоеваний в Римской области и признавал свободу выборов епископов в Сицилии (до этого Фридрих сам назначал их).
Теперь формально ничто не мешало Фридриху Сицилийскому быть законным королем Иерусалимским. Он требовал признать своего сына от Изабеллы-Иоланты Конрада наследником иерусалимской короны и даже официально передал ему с момента рождения права на престол, сохраняя регентство за собой. Однако сирийские и кипрские бароны выдвигали кандидатуру Алисы Шампанской. В то же время ее родственник Жан д’Ибелен, сеньор Бейрута, попытался изгнать наместников Фридриха в Иерусалимском королевстве и на Кипре. Он добился некоторого успеха, особенно на Кипре, но в 1231 г. император отправил вооруженный отряд в Святую Землю, благодаря чему, не без труда, статус-кво было восстановлено.
В 1239 г. истек срок перемирия с египтянами, и началось движение за новый крестовый поход. Возглавил этот поход король Наваррский Тибо I. В походе участвовало немало представителей высшей французской знати. Император активно содействовал походу. Но поскольку он еще в марте того же года был снова отлучен от Церкви, среди прочего за то, что открыто поставил под сомнение светскую власть пап не только по отношению к Сицилии, но и к Риму, Папа не благословил этот поход (потому его обычно и не включают в общий счет). Он потребовал, чтобы ратники Христовы шли в Константинополь на помощь Латинской империи. Большинство крестоносцев все же отправились в Сирию. По настоянию тамплиеров они заключили договор с султаном Дамаска ал-Маликом ал-Адилом II против египетского султана ал-Малика ас-Салиха Айюба (в литературе его обычно называют последним именем), кстати сказать, союзника Фридриха II. Однако вместе с войсками своего союзника, пообещавшего им ряд территориальных уступок в Палестине, крестоносцы были разбиты египтянами в битве при Аскалоне в ноябре 1239 г.
Это поражение настолько воодушевило мусульман, что правитель Керака ал-Малик ан-Насир Салах-ад-Дин Дауд в конце 1239 г. лихим наскоком захватил Иерусалим. Из обеспокоенной этим Европы стали прибывать подкрепления, которыми командовал граф Ричард Корнуэльский, младший сын Иоанна Безземельного; позднее он выдвинет свою кандидатуру на пост римского короля, победит на выборах, но принят в Германии не будет. Он смог в 1240 г. отбить Иерусалим, а затем возобновил договор с Египтом в феврале 1241 г. Но в конечном итоге и он, и Тибо Наваррский ни с чем вернулись на родину.
Иерусалимское королевство продолжало агонизировать. Удивительно, что оно еще какое-то время смогло продержаться. Главным в нем был вопрос о власти. Сын Фридриха II Конрад потребовал в 1243 г. присяги себе на верность. Сторонники Алисы Шампанской, среди которых были тамплиеры и венецианцы, воспротивились этому. В том же году они взяли приступом Тир, в котором держались приверженцы императора. Победители стали снова сговариваться с Дамаском о совместных действиях против Египта. Политика окончательно торжествовала над религией. Египетский султан ал-Малик ас-Салих Айюб, почувствовав опасность, нанял к себе на службу отряд хорезмийцев.