И все же не все обвинения были необоснованными. Временами ордена действительно злоупотребляли своими привилегиями и обращали оружие против братьев-христиан не только в целях самозащиты. Действия Тевтонского ордена, отстаивавшего свою независимость сначала в Венгрии, а потом в Пруссии, свидетельствуют о том, что орден был занят не только борьбой с язычниками.
К концу XIII века многие полагали, что военно-монашеские ордена нуждаются в проведении глубоких внутренних реформ. Церковные власти и авторы трактатов о крестоносном движении уделяли этой идее много внимания. Некоторые предлагали ограничить самостоятельность военно-монашеских орденов в восточном Средиземноморье, другие же — и их было большинство — выступали за объединение некоторых или всех рыцарских орденов для того, чтобы покончить с соперничеством между ними. Находились и такие, которые предлагали конфисковать имущество орденов и использовать его другими способами на нужды крестоносного движения.
Однако предложенные реформы проведены не были. Перемены произошли с возникновением новых обстоятельств в приграничных районах. В Испании в середине XIII века Реконкиста приостановилась, и изменения в рыцарских орденах протекали спокойно и постепенно. Для испанских военно-монашеских орденов борьба с маврами отошла на второе место, главным же занятием стало участие в конфликтах между христианами. Испанские правители рассчитывали на помощь орденов в борьбе со своими противниками, что и произошло в 1285 году при вторжении в Арагон французов; ордена также участвовали и в многочисленных междоусобицах в Кастилии.
В 1291 году Латинское королевство перестало существовать, однако никто тогда не поверил в окончательную потерю Святых Мест. Тамплиеры, госпитальеры и орден св. Фомы Акрского переехали на Кипр, находившийся на расстоянии 100 миль от сирийского берега, и в течение нескольких лет отправляли военные экспедиции против мусульман. Известно, что тамплиеры и госпитальеры совместно обсуждали планы возвращения Святой Земли. Однако обстоятельства не дали этим планам осуществиться. Вместо этого госпитальеры в первом десятилетии XIII века завоевали остров Родос, к юго-западу от побережья Малой Азии. Примерно в это же время орден св. Лазаря перенес свою штаб-квартиру в Париж, где орден не играл уже никакой военной роли, а центральный монастырь Тевтонского ордена переместился в Венецию, а оттуда — в 1309 году — в Мариенбург в Пруссии, и с этого времени тевтонские рыцари целиком посвятили себя интересам этого региона.
После падения Латинского королевства военно-монашеские ордена претерпевали внутренние изменения и приспосабливались к новой ситуации, и только орден тамплиеров был уничтожен. В октябре 1307 года (тогда штаб-квартира ордена находилась на Кипре) тамплиеры во Франции были неожиданно арестованы по приказу короля Филиппа IV. Их обвинили в том, что во время вступительных церемоний кандидатов заставляли отрекаться от Христа, плевать на крест и непристойно себя вести; помимо этого им вменялись в вину содомия и идолопоклонство. Папа Климент V сначала протестовал против действий Филиппа, но после того, как магистр тамплиеров Жак де Моле и другие тамплиеры признали справедливость наиболее тяжких обвинений, он приказал всем западно-европейским правителям арестовывать членов ордена и конфисковывать их имущество. И только в Арагонском королевстве исполнители папского приказа столкнулись с трудностями: тамошние тамплиеры укрылись в своих замках и оказали сопротивление (нескольким замкам удалось продержаться больше года). В начале 1308 года расследование дел ордена приостановилось из-за трений между папой и королем Филиппом, но к 1311 году в дело вступила инквизиция. В результате во Франции и в некоторых областях Италии большинство тамплиеров признали обвинения справедливыми, парижский парламент признал их вину доказанной, и рыцари, обвиненные в ереси, вместе со своим великим магистром Жаком де Моле были осуждены на смерть и сожжены на костре. Однако на Кипре, в Арагонском королевстве, Кастилии и Португалии у тамплиеров никаких признаний вырвать не удалось, а в Англии только три тамплиера сознались в том, в чем их обвиняли. Окончательно судьба ордена решилась на Вьеннском соборе, созванном в конце 1311 года. Прибывшим на собор тамплиерам, желавшим выступить в защиту своего ордена, слова не дали, несмотря на то что многие прелаты хотели их выслушать. 22 марта 1312 года, через два дня после прибытия на собор короля Филиппа, Климент объявил об упразднении ордена.