Однако должностные лица тоже далеко не всегда могли строго следить за всеми действиями своих подчиненных. Магистры крупных военно-монашеских орденов стремились распространить свое влияние на весь западный христианский мир, но для орденов, чьи штаб-квартиры находились в Святой Земле, это было очень нелегко хотя бы из-за их географического положения. Во всех крупных орденах практиковались регулярные официальные посещения орденских отделений, но если провинциальные магистры могли ездить сами, то великие магистры должны были посылать своих представителей. В связи с этим, естественно, возникала тенденция к независимости провинций, особенно если учитывать, что большинство братьев были уроженцами того района, где находилась их обитель, другими словами — всегда существовала опасность того, что местные и родственные связи и интересы перевесят послушание магистру ордена. И все же, несмотря на то что некоторые провинции иногда и не выполняли полностью своих финансовых обязательств, до 1300 года единственной серьезной попыткой добиться большей самостоятельности было выступление братьев ордена Сантьяго-де-Компостела в Португалии: при помощи португальского короля они смогли ослабить контроль над собой со стороны магистра ордена.
Женские обители и монастыри для духовных лиц имели право выбирать собственных наставников, а братья-миряне в духовных вопросах, естественно, подчинялись своим коллегам-священникам. Однако власть в рыцарских орденах принадлежала мирянам. Руководители орденов и главы провинций обычно принадлежали к рыцарскому сословию. Рыцари также составляли большую часть членов общих капитулов и, в ордене тамплиеров и Тевтонском ордене, комитетов, выбиравших новых магистров (комитеты состояли из восьми рыцарей, четырех сержантов и одного священника). Рыцари же возглавляли обители в приграничных областях, но в других районах западного христианского мира командорами часто были сержанты, а среди их подчиненных могли быть и рыцари: похоже, что в этих монастырях назначения делались по принципу соответствия занимаемой должности, а не по принадлежности к сословию. Капитулы удаленных от границ обителей тоже состояли главным образом из сержантов. Различные группы внутри орденов не всегда жили мирно, но единственными орденами, в которых разногласия дошли до столкновений, были Сантьяго и Калатрава в Испании (там духовные лица постоянно жаловались на нарушение их прав) и орден госпитальеров (сестры Сихенского монастыря в Арагонском королевстве несколько раз вступали в открытый конфликт с главой провинции).
Военно-монашеские ордена не были абсолютно самостоятельными организациями. И хотя большинство из них было освобождено от уплаты десятины и, таким образом, не подпадало под юрисдикцию епископа, все они находились в подчинении у папского престола, и папы вмешивались в дела орденов, если видели к этому причины. Иногда папы даже пытались влиять на назначение должностных лиц — либо по политическим причинам, либо в тех случаях, когда хотели устроить своего протеже. То же относится и к королям. Военно-монашеские ордена, связанные с другими религиозными организациями, находились под постоянным внешним контролем. Некоторые испанские ордена, в том числе Калатрава, Монтегаудио и Санта-Мария-де-Эспанья, были отделениями ордена цистерцианцев, а ордена Авиш и Алькантара стали филиалами Калатравы. Нам не всегда известны причины такого устройства орденов, хотя в случае Калатравы это может быть объяснено обстоятельствами основания ордена: он был организован после того, как цистерцианский аббат из Фитеро в 1158 году взял на себя обязательство защищать замок Калатраву (задача, с которой не справились тамплиеры). Отношения ордена Калатравы с орденом цистерцианцев складывались так же, как и между различными цистерцианскими монастырями, то есть глава центральной обители имел право инспекции и право голоса в выборе магистров. Однако большинство военно-монашеских орденов теоретически подчинялись только папе.