Несмотря на то что в XII–XIII веках поток желающих вступить в главные ордена и пожертвования в эти организации не прекращались, отношение к военно-монашеским орденам было неоднозначным. Сомнения, высказывавшиеся при их основании, не только никуда не исчезли, но к ним еще добавились и обвинения. Ордена обвиняли в гордыне и алчности. То, как используют ордена поступающие к ним средства, стало предметом пристального внимания. Некоторые уверяли, что братья живут в роскоши и в праздности и все пожертвования уходят на поддержание такого образа жизни. Из этого вытекало и следующее обвинение, а именно — что ордена не держат на границах, особенно в Святой Земле, необходимое число рыцарей. Среди этих обвинителей был и Матвей Парижский, хронист из Сент-Олбанса (см. его «Сhronica majora»). Рыцарей-монахов, находившихся в приграничных районах, упрекали в применении силы к единоверцам. Особенно часто подобные упреки были направлены в адрес Тевтонского ордена, развернувшего свою деятельность в Прибалтике. Указывалось также, что тамплиеры и госпитальеры обращали оружие друг против друга из-за якобы существующей между ними непримиримой вражды, которая, как говорили, могла сыграть злую шутку с христианами в их борьбе против «неверных». Критики опасались, что независимость орденов может помешать эффективной борьбе с мусульманами на Востоке, к тому же некоторые из них обвиняли ордена в нерешительности. Когда, к примеру, тамплиеры и госпитальеры высказывались против нападения на Иерусалим во время третьего крестового похода, они подверглись яростной критике со стороны французских крестоносцев. Членов орденов подозревали даже в симпатиях к мусульманам. С другой стороны, в 1260-х годах английский монах-францисканец Роджер Бэкон обвинил их в том, что они вообще берут в руки оружие. Он считал, что военные действия орденов только мешают обращению «неверных» в христианство. Это мнение не было популярным, однако меченосцев и членов Тевтонского ордена время от времени упрекали в том, что они не занимались миссионерством и проводили политику, лишь мешавшую обращению язычников.
Такие упреки и обвинения необходимо рассматривать в общем контексте. Всем религиозным орденам в той или иной степени пришлось столкнуться с клеветой. К тому же случалось, что критиковавшие военно-монашеские ордена их же потом и защищали. Например, папы не раз выдвигали против них различные обвинения, но они же их и поддерживали. Некоторые же критики были очевидно пристрастны. Светское духовенство начало терять доходы и авторитет после того, как папство одарило привилегиями рыцарские ордена, к тому же в XIII веке эти священники должны были еще и постоянно вносить крестоносные сборы на помощь Святой Земле. В Прибалтике на Тевтонский орден нападали его соперники. Многие критики военно-монашеских орденов были плохо информированы об их деятельности и не имели личных контактов с его членами, так что они просто повторяли обвинения с чужих слов. Недоброжелатели преувеличивали богатство орденов и заявляли, что военно-монашеские ордена обладают достаточными средствами, чтобы полностью финансировать защиту Святой Земли. Однако перепись имущества тамплиеров во время суда над ними не создает картины большого достатка. Глухи о соперничестве орденов также были сильно преувеличены. V упреки в терпимости к «неверным» в Святой Земле были вызваны незнанием тамошней ситуации и отсутствием достоверной информации. Новоприбывающие крестоносцы часто не понимали политической ситуации на Востоке и долгосрочных интересов латинских поселенцев. Они хотели только бороться с «неверными» и рвались в бой, не задумываясь о будущем.