Госпитальеры пользовались в Западной Европе большим уважением, и многие из них находились в близких семейных и политических отношениях с правителями своих провинций. Орден по-прежнему официально находился под юрисдикцией папского престола, и решения пап оказывали влияние на его политику. В XVIII веке против Мальтийского ордена выдвигались обвинения в прожигании жизни, аморальности и бездействии, и они далеко не всегда были необоснованными, но такие же обвинения обрушивались на орден и в XIV веке, и даже раньше. Несмотря на все организационные недостатки, орден госпитальеров не был анахронизмом, законсервировавшим уже отмершие средневековые идеалы. С 1635 по 1740 год количество братьев в ордене увеличилось с 1715 до 2240 человек. Дворянство этого времени получало очень хорошее образование, и в орден вступали люди талантливые, начитанные, преследующие самые разнообразные интересы — военные, дипломатические, научные, художественные. Библиотека в Ла-Валлетте отражала широту интересов мальтийских рыцарей — как практических, так и теоретических. Вот один ранний пример. Член ордена гуманист Савва ди Кастильоне еще на Родосе коллекционировал классическую скульптуру, потом был послом в Риме, а уйдя на покои в свое командорство в Фаенце, создал школу для детей бедняков.
Как и члены других военно-монашеских орденов, со временем госпитальеры стали воспринимать свои обеты чисто символически, и общая литургическая жизнь в командорствах постепенно забывалась. Сами командоры часто отсутствовали в своих командорствах, видя в них в первую очередь экономическое предприятие, дающее им средства к существованию (причем некоторым командорам удавалось накопить значительные личные богатства, часть которых после их смерти оставалась вне ордена). Представители госпитальеров присутствовали на реформаторском Тридентском соборе, но их участие в нем было вызвано не заботой о реформировании своего ордена, а стремлением добиться того, чтобы братья и члены их семей не подпадали под юрисдикцию епископов. Однако внутри ордена проявлялась обеспокоенность моральным состоянием организации, и в XVII веке к обсуждению этой проблемы были привлечены иезуиты и представители других прогрессивных течений во Франции. Некоторые госпитальеры активно занялись благотворительностью и миссионерством, выкупом христиан из мусульманского плена, духовными и благочестивыми трудами. Они искали способов, которые позволили бы не посвященным в священнический сан госпитальерам вести одновременно благочестивый и военный образ жизни, что, собственно, и являлось призванием членов ордена.