В 1568 году Козимо Медичи попытался включить госпитальный орден святого Лазаря в орден святого Стефана, но в 1572 году папа присоединил часть ордена святого Лазаря к ордену святого Маврикия, великим магистром которого был герцог Савойский Эммануил Филиберт, причем пост магистра в этом ордене был наследственным; в обязанности же ордена входило содержание двух галер; и действительно, две его галеры участвовали в Тунисской кампании в 1574 году. Однако после 1583 года орден святого Маврикия прекратил всякую военную деятельность. В 1459 году папой Пием II был основан Вифлеемский орден. Немногочисленные братья этого ордена под руководством магистра Даимберто де Амороза собирались защищать эгейский остров Лемнос, но после захвата его турками переехали на Сирос и построили там в 1464 году странноприимный дом. После отвоевания Лемноса венецианцами в том же году Вифлеемский орден вернулся обратно на остров, но тот снова попал в руки турок в 1479 году, и после этого орден прекратил свое существование. Много позднее, в 1619 году, герцог Мантуанский и Неверский Карл Гонзага помог папе организовать новый орден —
После 1561 года Мальтийский орден продолжал оставаться активной и независимой военной организацией. Им управляли закаленные в боях, опытные воины. В 1540 году магистр Жан де да Валлетт попал в плен и пробыл у мусульман больше года. В 1565 году мальтийские рыцари сумели отбить турок, что придало им уверенности, и тут же начали строительство нового города — Ла-Валлетты — и системы фортификаций вокруг главной гавани. Остров превратился в мощный бастион, угрожавший стратегическим коммуникациям между Стамбулом и Александрией, которые были столь необходимы мусульманам для войны на фронтах Египта, Туниса. Алжира и Марокко. Массивные новые укрепления, превратившие остров в огромную каменную крепость, делали его практически неприступным, и турки больше не осмеливались нападать на Мальту. Конечно, риск турецкой атаки всегда оставался, и рыцари поддерживали фортификации в идеальном состоянии, окружив ими весь остров. Последнее звено — форт Тинье — было закончено в 1794 году. Фортификационное строительство требовало больших финансовых вложений и увеличения местных налогов, но оно же придавало жителям уверенность в собственной безопасности и создавало рабочие места. Верфи и арсеналы были необходимы для ведения морских кампаний. Экономика острова была очень разнообразной — порты, новые города, больница и карантинная служба, пункты транзитной торговли постоянно расширялись. За сто лет население Мальты и Гоцо увеличилось почти вдвое — от 49 500 в 1680 году до 91 000 в 1788-м. Разумеется, население периодически бывало недовольно своим правительством, как и везде в Западной Европе, однако с мальтийцами, как и раньше с жителями Родоса, рыцари обращались хорошо, и никаких волнений не происходило. Всем этим успехам способствовало и участие госпитальеров в общеевропейской жизни — их часто можно было встретить при папском, французском, венецианском и других дворах, где они иногда даже занимали светские посты. В Ла-Валлетте была организована морская академия для командного состава, и многие ее выпускники стали офицерами французского флота, но к XVIII веку война на море пошла на убыль, как, впрочем, и сама турецкая угроза.