Процесс национализации испанских орденов начался еще до окончании Реконкисты (которая закончилась в 1492 году). После завоевания Гранады кастильская корона решила положить конец бесконечным спорам между орденами. В 1489–1494 годах король Фердинанд принял на себя управление тремя кастильскими орденами. Со стороны братьев это не вызвало протеста, и был организован королевским совет для контролирования деятельности орденов. Капитулы, выборы и образ жизни в командорствах не претерпели существенных изменений. Калатрава, Монтеса и Авиш сохранили свою связь с орденом цистерцианцев. В 1523 году папа Адриан VI официально объединил кастильские ордена под королевской властью и передал короне магистерство и связанные с ним доходы (достигавшие 110 000 дукатов в год, что составляло почти половину всех орденских доходов). Монтеса, и свой черед, была подчинена в 1587 году арагонской короне. Контроль над португальскими орденами, отказывавшимися принимать участие в действиях за морем, тоже перешел к королю, который использовал некоторые их командорства для награждения за верную службу тех, кто сражался с «неверными» в Африке и в Азии. Португальские ордена прекратили свою военную деятельность, но отдельные братья самостоятельно принимали участие в кампаниях против мусульман (на пример, около двадцати восьми из них были убиты или взяты в плен при Алькасаре во время марокканской кампании 1578 года).
С течением времени папские буллы постепенно освободили испанских монашествующих рыцарей от правил на вступление в брак, частную собственность, соблюдение постов, место жительства и молитвенную практику. Корона начала сама вести хозяйство командорств, и многие братья превратились в рантье, сохранявших свое членство к орденах из соображений чести, знатности и карьеры. С созданием же постоянной регулярной королевской армии ценность орденов как поставщиков опытной военной силы упала. В 1536 году Карл V начал дробление владений орденов для финансирования своей деятельности по защите христианства; он продал четырнадцать из пятидесяти одного командорства Калатравы, тринадцать из девяноста восьми командорств Сантьяго и три из тридцати восьми командорств Алькантары, в результате чего получил около 1 700 000 дукатов.
Королевская власть должна была как-то оправдать национализацию орденов, и кастильская корона объяснила это стремлением объединить все ресурсы для продолжения священной войны и обращения язычников; при этом подчеркивалось, что северная Африка, как и Гранада, — всего лишь первые шаги по дороге в Иерусалим. В 1506 году король Фердинанд собрал капитул Сантьяго, на котором было решено основать монастырь в Оране (Алжир); строились также планы организовать отделения Калатравы и Алькантары в Северной Африке. Все эти предложения обсуждались до XVII века, но ни к чему конкретному не привели. Отдельные братья кастильских орденов занимали в королевстве военные должности, но сами ордена бездействовали. С 1518 по 1598 год из более тысячи рыцарей Сантьяго только пятьдесят или шестьдесят воевали с «неверными». По крайней мере восемь членов Сантьяго приняли участие в Тунисской экспедиции 1535 года, а в 1565-м несколько человек помогали защищать Мальту. С 1552 года орден Сантьяго стал выделять около 14000 дукатов в год на содержание трех или четырех галер в Средиземном море, которые в 1561 году вошли в состав королевского флота. Эти галеры являлись прежде всего символом, однако при великом командоре Кастилии Луисе де Рекесенсе они сыграли заметную роль в бою при Лепанто (1571 год). Любопытно, что Луис де Рекесенс был принят в Сантьяго в одиннадцатилетнем возрасте, а Альваро Басан, чья блестящая карьера во флоте включала участие в сражениях у Мальты и при Лепанто, — в двухлетнем (в 1528 году). После 1571 года Испанию занимали, в первую очередь, события на севере Европы, и священная война отошла на второй, а то и на третий план. К этому времени большинство братьев просто перестали выполнять свои обязанности. Так, член ордена и поэт Луис де Гонгора был публично подвергнут критике за отказ в 1614 году подчиниться королевскому приказу о службе в Марморе в Африке.