Организационная структура госпитальеров практически не менялась. Всем руководил великий магистр. В 1526–1612 годах генеральный капитул собирался приблизительно каждые шесть лет, но в 1631–1776 годах, когда Мальту охватил финансовый кризис, он не был созван ни разу. Орден, никогда не подвергавшийся реформам, становился все более и более авторитарным, причем магистры выступали в роли суверена. Французская монополия на пост магистра была нарушена в 1374 году, и после этого магистрами наравне с французами могли быть испанцы и итальянцы; в XVIII веке два магистра подряд были португальцами. Должность магистра не была наследственной, но каждый магистр выбирался пожизненно.
Это обеспечивало стабильность, но способствовало геронтократии в высших эшелонах администрации. Большая часть доходов госпитальеров поступала в личную казну магистра, обладавшего почти абсолютной властью в ордене.
Во Франции существовало семь провинций ордена госпитальеров, и французские братья стремились любыми способами сохранить свои земли, командорства и доходы с них, поскольку от этого зависело само их существование. Королевская власть бесцеремонно вмешивалась в дела французского приорства, процветала коррупция. К тому же вмешательство пап, особенно в вопросах назначений, подрывало моральные устои всех орденов. Непотизм был неизбежен и распространен. Например, в 1692 году двоюродный племянник магистра госпитальеров Адриен де Виньякур получил командорство в Ланьи-ле-Сек, причем в это время ему было два года от роду, и распоряжался этим владением до самой своей смерти восемьдесят два года спустя. Мануэл Пинту де Фонсека также был принят в орден в двухлетнем возрасте, потом стал магистром и умер на этом посту в возрасте девяноста двух лет. И все же орден госпитальеров продолжал существовать, и о нем никак нельзя было сказать, что он клонится к своему закату. Госпитальеры занимали сильные позиции в Арагоне, в Богемии, в некоторых немецких землях и в Италии (особенно в Неаполе и на Сицилии). К 1583 году в ордене состояло примерно две тысячи человек, причем самой многочисленной группой были рыцари (сержантов было всего сто пятьдесят, и столько же священников). В 1700 году во Франции, на Пиренейском полуострове, в Италии и на территории Священной Римской империи все еще функционировали пятьсот шестьдесят командорств госпитальеров.
Почти везде одеяние мальтийского рыцаря с восьмиконечным крестом означало высшую степень знатности. В политически раздробленной Италии орден госпитальеров помогал сохранить старинный общеитальянский класс дворян, представители которого проходили образовательный курс на Мальте. Эти люди знали друг друга как члены одного многонационального клуба, доступ в который охранялся посредством фамильного владения командорствами и все более ужесточавшейся системы требуемых при вступлении доказательств благородного происхождения. Рост буржуазии, появление при дворе чиновников неаристократического происхождения и изменения, произошедшие в армии и ее техническом оснащении, вели к уменьшению значимости роли старого дворянства, честь и рыцарские идеалы которого по-прежнему символизировались устаревшим мечом. И старая европейская аристократия использовала военно-монашеские ордена для поддержания и зашиты своего статуса, отстраняя от членства в них новоиспеченных дворян и патрициев.