В этом последнем отношении он непосредственно и вполне пошел по следам Генриха VI. Король Лев Армянский, переставший дорожить союзом со Штауфенами после плачевного исхода немецкого крестового похода, обратился с убедительной просьбой о помощи в Рим и заявил папе, что признает его высшим епископом всего христианства. Иннокентий ответил тотчас же, что он будет ревностно заботиться о поддержании восточных христиан, написал также армянским баронам, чтобы они твердо держались против неверных, и послал королю освященное знамя, которое он должен был взять в эту войну. Он вызывал императора Алексея Константинопольского начать военные вооружения для освобождения Святой Земли и созвать собор для переговоров о соединении греческой и римской церквей. Алексей уклонился от этого требования, но папа через своих послов все-таки приобрел в Константинополе влиятельное положение и кроме того угрожал грекам дружескими отношениями с молодым возвышающимся государством болгар, обещая послать их государю королевскую корону, если болгарская церковь должным образом подчинится римской церкви. Но больше всего с первого момента своего господства папа заботился о том, чтобы воспламенить западные народы к новому великому крестовому походу. Сильнее и настойчивее, чем при ком бы то ни было из его предшественников, раздались теперь призывные трубы к священной войне: он говорил, что каждый король и князь должен был прежде всего подать помощь Христу, высшему ленному владетелю, у которого враги отняли его землю. Окружные грамоты курии были разосланы к клиру, дворянству и народу Германии, Франции, Англии, Шотландии, Италии и Венгрии. Папские легаты повсюду возвещали, что принявшим крест будет покровительствовать святой Петр и будут прощены их грехи, но они требовали также покаяния, простоты в одежде и воздержания в пище. Духовные лица должны были пожертвовать на вооружение войска пилигримов сороковую часть имущества и доходов, а миряне должны были класть свои взносы для той же цели в кружки, выставленные во всех церквах. Иннокентий обещал, как бы трудно ему ни было, отдавать десятую часть своих доходов на священную войну и снарядил также большой и богато нагруженный корабль для помощи сирийским христианам.
Его призыв к крестовому походу возбудил среди низшего духовенства вдохновенных проповедников, как некогда речь Урбана II. Самым знаменитым из них был Фулько, священник в Нельи на Эне (
Кроме Фулько, среди проповедников того времени особенно выдвинулся Марти, аббат Цистерианского монастыря Периса, близ Кольмара. В городах по соседству, особенно в Базеле (в сентябре 1201), он призывал верующих к новому завоеванию Святого Гроба, указывая на непреходящие награды на небе, но вместе с тем и на земные выгоды: «нет сомнения в том, — говорил он, — что многие из вас найдут там больше счастья в мирских вещах, чем когда-нибудь имели здесь». Он побудил многие тысячи принять крест.