Фигура и личность Т. Т. Котляревского ясно и определенно выяснилась лишь тогда, когда он был назначен кошевым атаманом. Произошло это таким образом. Когда умерла Екатерина II, то на коронацию Павла войску предстояло послать своего представителя. В этот момент умер и кошевой Чепига, а войсковой судья Головатый, следующее по рангу за кошевым атаманом лицо, был в персидском походе. Поэтому в качестве старшего в войске на коронацию императора Павла представителем от черноморцев поехал Котляревский, третий член Войскового Правительства. Это обстоятельство решило дальнейшую судьбу войскового писаря. По-видимому, Котляревский понравился Павлу. Пока он был в Петербурге, умер избранный кошевым атаманом Головатый, и 27 июня 1797 года Павел назначил войсковым атаманом в Черноморское войско Котляревского. Это был первый случай в войске, когда высшее правительство не считалось ни с выбором кошевого войском, ни с желаниями последнего. С этого времени не кошевые, а войсковые, как окрестил их Павел в рескрипте от 21 марта 1797 года, атаманы всегда назначались Высочайшей властью и казачество навсегда потеряло право на выборы батька-кошевого.
После коронации Павла в Москве Котляревский возвратился в Черноморию войсковым атаманом. Его назначение атаманом, видимо, было встречено недружелюбно казачеством, хотя, может быть, только потому, что он был назначен, а не избран. В это время возвратились из персидского похода казаки, бывшие там с Головатым. Котляревский не сумел ни сам встретить, как это водилось в войске, измученных и исстрадавшихся в походе казаков, ни поручить другим это сделать. Казаки были неприятно поражены и возмущены. Когда же они заявили претензии на начальников, худо обращавшихся с ними в походе, и потребовали, чтобы им выданы были деньги, обещанные за выполненные ими для казны частные работы, и недоданное жалованье, а Котляревский отказался удовлетворить эти просьбы, ссылаясь на то, что это было дело прежнего начальства, то казаки заявили, что он не их кошевой атаман, так как войско не избирало его, и подняли ропот против начальства и существовавших казачьих порядков. И здесь Котляревский не нашелся, что сделать, чтобы успокоить войско. Мало того. Как только обострились отношения между Котляревским и казаками, он постыдно бежал из Екатеринодара в Усть-Лабу, а затем искусственно раздул обыкновенное недовольство обездоленных казаков в восстание и бунт. Это самый тяжелый грех Котляревского как войскового атамана.
С назначением его войсковым атаманом и приездом из Петербурга он вообще сильно изменился. Если раньше он был замк-нутым и нелюдимым человеком, то теперь стал прямо недоступным и надутым вельможным паном. Попавши, по собственной вине, в невыгодное положение по отношению к войску и казакам, Котляревский сделал новую ошибку — 6 августа он двинулся с жалобами на казаков в Петербург.
На этот раз Котляревский надолго остался в Петербурге. Несмотря на то что на черноморцев стали делать частые и жестокие нападения черкесы и что, следовательно, личное присутствие атамана настоятельно требовалось, Котляревский оставался в Петербурге и посылал лишь оттуда грозные, наполненные укорами письма в войско. Две причины, по-видимому, удерживали его в Петербурге. С одной стороны, он возбудил ряд важных, по его мнению, ходатайств перед Павлом І и ждал их разрешения, а с другой — находясь вблизи благоволившего к нему императора, честолюбивый атаман наверное рассчитывал на повышение, и действительно, он произведен был в чины сначала полковника, а потом генерал-майора. Может быть даже, второе обстоятельство имело большее значение, чем первое. 12 декабря 1798 года Котляревский воротился из Петербурга в Екатеринодар, не дождавшись ответа на свои представления императору Павлу. Но ставить в особую вину атаману его погоню за чинами едва ли можно. Тогда заражена была этой погоней вся казачья старшина, погребавшая казачье демократическое равенство под грудой дипломов на чины и ордена.
Немедленно по приезде в Екатеринодар Котляревский обратился с чем-то вроде циркуляра или послания к войсковым и полковым старшинам, к куренным атаманам и всему войску. Этот длинный и донельзя витиеватый документ наполнен был упреками старшине и казакам. Вообще с того момента, как Котляревский был назначен войсковым атаманом, он лично от себя стал писать и писать, точно в нем с удвоенной силой воскрес дух войскового писаря. Этими писаниями он как бы нарочно устранял личные, непосредственные отношения к войску и его представителям. Что было тут главной причиной, личные ли свойства войскового атамана, его замкнутый характер, гордость и недоступность, или нежелание выслушивать упреки в глаза, но Котляревский, видимо, любил и предпочитал этот способ управления войском всем остальным.