Если свирепствовал Стефан Баторий по отношению к козакам, то не меньшия лютования производили его магнаты по отношению к православным, нежелавшим принимать унии и католичества. Еще большия жестокости были воздвигнуты при Сигизмунде III. «Крестьянам запрещено было отлучаться изь семей, а владельцам не возбранено отягощать крестьян разными повинностями. Кроме обыкновенной десятины с конских и прочих стад, также с пчеловодства, изобретены новые налоги, состоявшие в звериных шкурах, подати с рыболовства, в весьма ограниченной плате за поденную работу, в чувствительной за штрафы. Жиды производили откупы доходов с отягощением для жителей, стесняли продажу вина. Сначала возник ропот между малороссиянами; потом стали они перебегать к запорожцам, скрывались в местах диких, непроходимых, оставляли последнее достояние для приобретения свободы» (Бантыш-Каменский, 93).
До сих пор запорожцы и козаки нападали на татар и турок. Отныне начинаются их набеги и вражда и на поляков. Во главе этого движения становится Косинский. В январе 1592 года Косинский с казаками занял Белую Церковь, Киев и много других мест. Поляки не решались дать надлежащий отпор Косинскому. 16 января 1593 г. Сигизмунд дает приказ «на посполитое рушение против низовых козаков за то, что они по неприятельски имения шляхты разоряют, а самых шляхтичей и мещан к присяге на верность себе насильно приводят»…
Только теперь князь Острожский принялся за преследование козаков. Он разбил Косинского и привел козаков в покорность.
В эту-то пору выступают особенные жестокия гонения на православных.
Католическая религия не только сравнивалась с православною, но приобретала права господствующей религии. Князья настойчиво создавали новую католическую литовскую аристократию. Бояры — католики в своих правах сравнивались с польскою шляхтою и только католики допускались к занятию важных государственных должностей.
Литовская Русь ясно видела, что ее оттесняют на второй план, лишая политического участия и значения. Окатоличенная аристократия начинает понимать пользу своего положения и поддерживать польския связи и значение Польши.
10 января 1569 г. в Люблине образовали съезд для устроения унии. Но вскоре выяснилось, что ни литовцы, ни русские этой унии не желают, — почему и те и другие уехали домой. Этим положением поляки и воспользовались. Они решили заставить прежде всего русския области по одиночке признать эту унию. Начали с Подлесья. Для образования унии достаточно было подписания её несколькими человеками, — а остальным было объявлено, что если они не подпишут присяги, то лишены будут должностей и имений.
Так же поступили с Подолией, Волынью и Киевом. По неволе присягали князья Островский, Вишневецкий, Чарторыйский, Сангушко и др. Литва осталась одна, слабою и беспомощною. Пришлось смириться и литовцам.
На польский престол вступил Стефан Баторий, славный воин и жестокий притеснитель православия. Он в русских городах насильно отобрал у православных большинство церквей, монастырей, их имения и отдал иезуитам. Еще больше притеснения было при Сигизмунде III, воспитаннике иезуитов.
Помимо притеснений и издевательств извне, православная церковь страдала и сама в себе, что еще более усиливало её неустройство. А страдания её происходили из её бесправия, безгласия и полной беззащитности. Прежде всего, служителями церкви сплошь и рядом назначались люди не по достоинству и праву, а за деньги, — почему в большинстве это были недостойные, негодные и неподготовленные люди. Епископии жаловались королям, чиновникам, служилым дворянам и проч. Иногда эти места перепродавались. Бывало и так, что одна и та же епископия продавалась двум лицам. Отсюда видно, чего стоило духовенство и монашество при таких епископах. Симония производилась открыто и в широких размерах. Естественно, церковь часто не находила защиты в самой себе.
Только отдельные лица стойко защищали и поддерживали церковный приход. Они заботились о списывании и распространении священных книг, — появлялись и печатные книги, — созидались и поддерживались училища. Братства не покидали заботы хотя о малейшем благолепии церквей. Но все эти заботы разбивались о полное бесправие и беззащитность православной церкви. Жалобы на это Брестского собора, состоявшагося в 1590 г. только усилили притеснения и открытое издевательство над православною церковью.
Вместе с этим король и высшие чины, во главе с иезуитами, усилили приемы для сманивания православных в католичество и унию разными льготами, привиллегиями и покровительством. При этом открыто объявлялось, что старшие и миряне православные легко избавятся от всех оскорблений путем перехода в унию. Все это невольно заставляло людей слабых духом подумать и охранять себя от невзгод. Разумеется, очень многие переходы в унию были фиктивные. Переходили в унию и епископы, переходили с большою душевною скорбию и горькими слезами и бывали случаи отказа их от унии.