Несмотря на претерпеваемые гонения, братство стойко защищало себя и в более видных местах заставляло считаться с собою даже короля, принуждая его утверждать новые братства и при них церковно-просветительные школы. Эти школы с особенною любовию и настойчивостью созидались, удерживались и лелеялись братчиками, ибо образование в них, отвечая самым насущным потребностям православных, стояло в строжайшем единении и зависимости от православной церкви и ставило задачею выработку доброй воли и твердого характера у детей, согласно учению христианской веры. Все преподавание в школах шло на русском языке.
Лучшия школы в то время были во Львове и Вильне. Братства занимались также изданиями нравственно-просветительных сочинений. Из этих сочинений мы усматриваем, что самая энергичная борьба православных не всегда спасала их от насилий и разграбления, ибо даже жиды успели совокупными силами отстоять свою школу, а у русских православных берут не божницу, а насилуют их христианскую набожность и свободу.
— Слыше небо и внуши земле, щож терпим зле во Львове! — восклицает братство.
Гонения, притеснения и издевательства униатов с 1599 г. усилились. Митрополитом стал заклятый враг, Игнатий Поцей.
Пожар борьбы разгорался. Центром борьбы стала Вильна. В православии стало усиливаться монашество. Отрекшись от всего мирского, им свободнее было вести борьбу и с католиками, и с униатами, и с магнатами, и с епископами-симонистами. Горе в том, что многие из этих епископов купили свои епископии не для служения Христу, а для личного использования монастырских и церковных имуществ. И вот монашествующая братия выступает против всех злых начал, причисляя туда и епископов. Так инок Иоанн бросает этим симонитам, что они окружили себя неслыханной роскошью, закутали свои грешные тела, как каких-то идолов, в дорогие меха, атласы и шелка, устроили себе пышные жилища, экипажи, наполнили свои дома праздной дворней и многочисленными слугами, проводили с гостями веселую и разгульную жизнь в пьянстве, играх, потехах и пирах, а для накопления богатства не останавливались даже пред совершением преступлений. Проповедник требовал от них — очистить церковный строй от всяких новшеств, суеверных обычаев и полуязыческих празднеств, славословить Бога простыми русскими песнопениями, восстановить древние благочестивые обычаи и порядки, как напр.: снабжать свои жилища св. иконами, осенять себя крестным знамением и произносить молитвы при трапезах, читать в церквах Евангелие и апостол по славянски, а затем толковать св. Писание простым людям на народном языке, печатать книги и церковные уставы на славянском «плодоноснейшем из всех языков», избирать в священники людей достойных и восстановить древнее уважение к иноческим подвигам, которыми и весь строй мира сего держится.
Назначение Игнатия Поцея митрополитом Виленское братство опротестовало, как человека недостойного и враждебно относящагося к православию.
Ну и Поцей отплатил братству. Он отнял у братства Троицкий монастырь, сменил бывших там иереев и сделал этот, монастырь центром унии. Напрасно братчики жаловались королю и в суд. Король приказал суду на Поцея жалоб не принимать. Поцей не стесняясь давил православие и выдвигал своих единомышленников. В 1608 г. он назначил своим наместником Кунцевича, иезуита-фанатика.
Православные страшно страдали от притеснений. В 1609 г. Козменич, заменивший Гедеона Балабана на патриаршем экзархате, призывал окружным посланием православных действовать совокупно против притеснителей и главного губителя, Поцея. В войне гражданской православные были побеждаемы, ибо король с явною и преступною несправедливостью обижал православных, — за то в войне литературной униаты терпели явное поражение и страшно злились. Особенно удачно описал и поставил униатов в весьма незавидное положение Мелетий Смотрицкий. Униаты надеялись на короля и в 1610 г. Сигизмунд издал приказ, чтобы никто не смел покупать и читать изданий Виленского братства под опасением штрафа в 5000 червонных злотых, — а типография братства была разрушена. Несмотря, однако, на все стеснения, братства росли и росли. Ибо русский народ только в них видел свое спасение. Сестра — северо-восточная Россия — сама страдала. Там было смутное время.
Рядом с Виленским и Львовским братствами крепко стоял несокрушимым и Киев. Там защитником православной веры был князь Острожский.
Игнатий Поцей умер, его заместителем стал Иосиф Рутский. Это был человек далеко низшего калибра, а потому не мог вредить так жестоко, как Поцей. Но за то с этого времени стал возвышаться новый ренегат, едва ли не худший Поцея, — это Полоцко-униатский епископ Иосафат Кунцевич. Дело дошло до того, что в Могилеве верующие силою не пустили Кунцевича в город, за что, с соизволения круля, лишились монастыря, церквей и имуществ. Нашлись, однако, добрые люди, которые достали средства и дали возможность братчикам вести издательскую и просветительную деятельность.