Великий Магистр Гийом де Вилларе, правивший с 1296 по 1305 гг., принял решение занять остров Родос, расположенный у берегов Малой Азии и номинально принадлежавший Византийской империи. Иоанниты хотели остаться недалеко от палестинских земель, планируя со временем вернуться в Иерусалим.
27 мая 1306 г. Великий Магистр иоаннитов Фуке де Вилларе подписал договор с генуэзским корсаром В. Виньоли — через несколько дней 35 рыцарей и 500 пехотинцев, приплывшие на 6 судах, высадились на Родосе, имевшем две великолепные гавани — Порто дель Мандраччио на северной части острова и Порто-Мерконтильо на южной. Почти четыре года иоанниты воевали за Родос, пока не укрепились на нем.
На последнем этапе в 1309 г. в результате кровопролитных боев рыцари изгнали турок и сарацин под командованием Галла и обосновались на Родосе и семи соседних островах.
В 1310 г. иоанниты перенесли сюда резиденцию Ордена и стали называться "сувереном Родоса", что было утверждено папой Климентом V. В это же время на острове был открыт большой странноприимный дом-госпиталь. Были построены новые укрепления, великолепный дворец, до сих пор поражающий воображение, склады, школы, расширен флот. Орден создавал государственную основу своего военного могущества и в тоже время центр образования и культуры. Иоаннитов стали называть родосскими рыцарями.
Однако Ордену принадлежали не только Родос с близлежащими островами, но и значительные владения в Европе. В 1312 г. после разгрома ордена тамплиеров-храмовников [26] большая часть его имущества и недвижимости в соответствии с буллой римского папы Климента V перешло к родосским рыцарям. Только в Европе иоаннитский Орден тогда имел 656 командорств, в каждом из которых обязательно был организован госпиталь.
На Родосе окончательно сложилась иерархическая структура Ордена иоаннитов.
"Орден рыцарей госпиталя святого Иоанна Иерусалимского" имел военно-духовную организацию. Орден был полностью независимым от какой-либо власти и поэтому стал называться суверенным (державным) и обладал светскими правами — обмениваться послами и заключать договоры с другими государствами. Орден имел четко разработанную структуру. Все правила, должности и обряды описаны в специальном "Уложении о разделении и постановлениях…" [27]
Именно на Родосе окончательно сформировался устав Ордена, одной из главных задач которого была "особенная и приличествующая обязанность Христовых воинов — бороться за славу Божию и католическую веру. Потому-то воины госпиталя и носят на себе знак креста, чтобы, после многократной раздачи милости, преследовать и уничтожать войною магометанский народ и всех, кто погрешает в вере" [28].
Орден сделался столь многочисленным и мощным, что было решено разделить его составные части по национальному признаку — на "Нации" (или "Языки"). Существовали 8 [29] "Языков" для выходцев из следующих стран и местностей: 1) Прованса, 2) Оверни, 3) Франции, 4) Италии, 5) Арагона с Каталонией и Наваррой, 6) Кастилии с Португалией, 7) Германии и 8) Англии [30]. Рыцарем мог стать лишь член одной из вышеназванных "наций".
Рыцарь должен был первые пять лет прожить в орденском общежитии — в братстве, питаясь за общим столом. Обед рыцаря состоял из 400 граммов мяса, кружки вина и 6 хлебцев. В праздник мясо заменяли рыбой и яйцами.