Орденское одеяние было установлено еще первым главой Ордена Жераром де Торном. Но уже при папе Александре IV были введены следующие правила. Все рыцари, в отличие от прочих членов Ордена, носили красную военную рясу с белым полотняным крестом и черный орденский плащ. Орденская одежда, одеваемая рыцарями перед сражением, представляла собой малиновую бархатную накидку с белым шелковым крестом на груди. Братья и служащие носили в мирное время черную рясу, а во время войны — черный плащ.
Со времени основания Ордена рыцари, кроме белого креста на одежде, носили серебряный крест той же формы, сначала на четках, а затем и на груди. Ношение серебряных крестов было официально установлено орденским Капитулом в 1631 г.
Позже серебряные кресты стали заменяться крестами белой эмали, с украшениями по углам, преимущественно лилиями. Кроме того, для высших сановников Ордена были установлены большие золотые кресты, которые носились на черной ленте или на золотой цепи. Братья же, служащие в Ордене, носили так называемый "донат" — полукрест, у которого недоставало двух верхних углов.
"Внешним отличием кавалеров святого Иоанна Иерусалимского, кроме двух полотняных крестов, был золотой восьмиконечный, покрытый белой эмалью крест на черной муаровой ленте, или на золотой цепи; над крестом, носимым на шее, была золотая корона, а над ней, уже на ленте, золотое же изображение военной арматуры [31]. Знаком же принадлежности к Ордену был белый полотняный крест на месте сердца и на левой стороне плаща" [32].
Каждая "нация" состояла из Приоратов и Великих Приоратов, бальяжей и командорств.
Многие короли и владетельные сеньоры христианских государств жертвовали иоаннитам деньги и земли, из которых были образованы крупные земельные образования, получившие название командорств или комтурств, отчислявших в орденскую казну часть своих доходов. Рыцари, управляющие ими, назывались командорами или комтурами, и подчинялись приорам или Великим приорам-провинциалам, контролировавшим все командорства. Командорства составили бальяжи или великие командорства, бальяжи — приорства и Великие Приорства, приорства были объединены в "Языки" (или "Нации"). Первыми земельными владениями иоаннитов за пределами Палестины стали приорство Сен-Жиль в Провансе и командорства в Шампани и Аквитании. В начале XIV в. иоанниты имели около 30 приорств во Франции, Испании, Португалии, Италии, Англии, Ирландии, Германии, Чехии, Венгрии и Польше.
Земли иоаннитов в виде командорств могли сдаваться в аренду рыцарям, которые ежегодно были обязаны вносить в кассу Ордена налоги за пользование землей —
Командорства давались по старшинству. Рыцари-владельцы командорств именовались наставниками (praeceptores) или командорами — управляющими недвижимым имуществом Ордена, и руководили воспитательными заведениями, в которых готовились поступить в рыцари молодые дворяне. Позднее должности командоров стали даваться за особые заслуги.
Командоры подчинялись приорам, великим приорам и провинциалам. Приорства состояли из командорств и объединялись в судебные округа бальяжи. Судьи — бальи — делились на капитульских, монастырских и бальи по милости, или почетных.
Восемь главных сановников Ордена —
Верховную власть Ордена осуществлял
Великий Магистр совместно с восемью столпами — начальниками Наций (Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии) руководил Советом и Священным Капитулом Ордена.