Орден постепенно становился крупным земельным собственником. Во-первых, он получал владения как в Палестине (на завоеванных землях), так и в Европе в награду за военные подвиги и услуги, оказанные монархам. Во-вторых, рыцари чести (или "рыцари по справедливости"), принимавшие все обеты (в том числе обет бедности), жертвовали свое имущество и недвижимость Ордену. В-третьих, Орден наследовал земли своих погибших рыцарей (в Правилах Раймонда де Пюи предписывалось отправляющемуся в путь рыцарю "сделать духовное завещание или другое распоряжение", и очень часто рыцари объявляли своим наследником Орден).
Каждое отдельное владение Ордена называлось командорством, и, по своему обыкновению, в каждом таком владении (как в Палестине, так и в Европе) Орден устраивал госпиталь в честь св. Иоанна Иерусалимского.
За время Крестовых походов существовало несколько государств иоаннитов (государство иоаннитов в Акконе со столицей в Акре было последним государством крестоносцев в Палестине после падения Иерусалима).
Во время Пятого крестового похода 1217–1221 гг. иоанниты участвовали в неудачной осаде крепости Тавор (77 башен), а во время похода на мамелюкский Египет — принимали участие в долгой осаде и взятии крепости Дамисты.
В 1230 г. иоанниты завязали контакты с ассасинами [22]
— тайной мусульманской организацией-государством, образованной в конце XI века в Иране и имевшей крепости и замки в Сирии и Ливане.В августе 1244 г. Иерусалим был взят войсками египетского султана ас-Салиха. 17 октября 1244 г. объединенное войско Иерусалимского королевства было разбито при Харбшахе войсками египетского султана Бейбарса. Из 7000 рыцарей в живых осталось только 33 тамплиера, 3 тевтонца и 27 иоаннитов; около 800 рыцарей были взяты в плен. В 1247 г. египтяне захватили также часть Галилеи и город Аскалон, который защищали иоаннитские рыцари.
В 1265 г. султан Бейбарс взял Кесарию и Арсуф, в 1268 г. — Яффу, Антиохию и мощную крепость тевтонского ордена Монфор. В 1271 г. была взята крепость Крак де Шевалье в Сирии.
В 1270 г. состоялся последний Крестовый поход — восьмой. 17 июля войска крестоносцев, возглавляемые французским королем Людовиком IX, высадились в Тунисе, где король умер от лихорадки. Поход завершился безрезультатно, был подписан мир — крестоносцы не смогли переломить ситуацию в свою пользу.
В 1285 г. войска султана Бейбарса взяли Маргат, в 1287 — Латакию, в апреле 1289 г. — Триполи.
В 1291 г., несмотря на всю доблесть рыцарей Красного Креста (тамплиеров) и рыцарей Белого Креста (госпитальеров), сражавшихся бок о бок, Акра была потеряна перед лицом подавляющего численного превосходства мусульманских войск. Иерусалимское королевство прекратило свое существование, как и последние владения крестоносцев на Востоке.
В конце XIII в. иоанниты перебрались на Кипр, захваченный еще в 1191 г. отрядами английского короля Ричарда Львиное Сердце и проданный тамплиерам, которые потом уступили остров королю Иерусалимского королевства Ги де Лузиньяну (эта династия удерживала за собой остров до 1489 г.). Стараниями Великого Магистра Жана де Вилье у иоаннитов на Кипре уже были замки в Никосии, Колосси и других местах.
Отход на Кипр был достаточно боевым — "Великий Магистр Жан де Вилье и его рыцари прорубили себе дорогу на орденскую галеру, в то время как с палубы прикрывавшие их доблестный отход лучники обрушили грады стрел на врага, стремившегося уничтожить последних из оставшихся в живых героев Великой Христианской Армии. Разбитые и раненные, но не покоренные и не сломленные, рыцари высадились на Кипре, где король Ги де Лузиньян дружески встретил их. Орден стал вассалом короля Кипра и получил от него феодальное владение Лимассол (Лимиссо) в качестве лена. Изгнанный из Иерусалима Орден святого Самсона слился с Орденом госпитальеров, и этот союз стал именоваться "рыцари Кипра" [23]
.В 1291 г. король Кипра Анри II Лузиньян подарил рыцарям город Лимиссо, (что было утверждено римским папой Климент V), где затем в течение восемнадцати лет была резиденция Ордена.