Какое-то время обелиск стоял на своем законном месте, хотя само кладбище было уже закрыто и постепенно ликвидировалось. А в начале 1950-х годов его перенесли в Фили — к «Кутузовской избе». Есть несколько версий о судьбе останков трехсот воинов из братской могилы. В большинстве источников говорится, что они теперь там, где стоит обелиск, — то есть у «Кутузовской избы». Существует также мнение, что их перезахоронили на Ваганьковском кладбище. Но, например, дорогомиловский краевед и старожил этого района Федор Федорович Егоров, на глазах которого Дорогомиловское кладбище ликвидировалось и застраивалось, утверждает, что погребенных там солдат-бородинцев вовсе не перезахоранивали, — они так и остались лежать на своем прежнем месте. И это очень правдоподобное мнение. Во-первых, после ста сорока лет их упокоения в сырой земле едва ли там вообще уже оставались какие-то следы человека. А во-вторых, это же был чисто символический акт перенесения останков. И для этого можно было откопать всего несколько косточек или даже просто перенести из старой могилы на новое место горсть земли.
В 1839 году на кладбище, на месте старого храма была сооружена новая церковь Преподобной Елизаветы с двумя приделами — Владимирской Божией Матери и Спаса Нерукотворного Образа, очень похожая на Святодуховскую церковь на Даниловском кладбище. Увы, Елизаветинская церковь разделила печальную участь кладбища — она была снесена где-то в начале 1950-х. Да и последние годы своего существования находилась уже в совершенном запустении. Церковь стояла там, где теперь двор дома № 26 по Кутузовскому. Того самого дома, в котором жили генеральные секретари Л. И. Брежнев и Ю. В. Андропов.
До революции Дорогомиловское кладбище среди состоятельных москвичей не почиталось особенно престижным. Это уже в позднюю советскую эпоху Дорогомилово сделалось районом, как говорят, элитным, связанным с центром новым мостом и проспектом, а совсем недавно еще и двумя пешеходными мостами. Раньше же до кладбища и добраться-то было не просто. К нему вела единственная дорога — через Бородинский мост, по Большой Дорогомиловской улице. У земского шлагбаума на заставе, приблизительно там, где теперь стоит монумент «Москва — город герой», мостовая заканчивалась, и дальше до ворот кладбища дроги ехали еще с версту по обычному пыльному проселку.
Даже купеческих захоронений здесь было не много. Во всяком случае, купцы высшей гильдии не считали кладбище в Дорогомилове достойным для них местом упокоения. Например, фабриканты Прохоровы, державшие за рекой напротив кладбища крупнейшую в Москве мануфактуру, хотя и установили на свой счет стелу над братской могилой погибших при Бородине, хотя и делали пожертвования в Елизаветинскую церковь, родовой склеп предпочли устроить все-таки в более достойном их положению и состоянию месте — в Новодевичьем монастыре.
Но тем более удивительно, что в Дорогомилове в XIX веке и в начале ХХ-го часто хоронили ученых, профессоров. Одним из первых ученых там был похоронен ординарный профессор «политической экономии и дипломации» московского университета Н. А. Бекетов (1790–1828). И уже затем Дорогомиловское становится прямо-таки «профессорским» или «университетским» кладбищем: там были могилы известного юриста, специалиста по гражданскому, международному и уголовному праву Л. А. Цветаева (1777–1835); ректора московского университета с 1832 по 1837 год, востоковеда А. В. Болдырева (1780–1842; в 1950-ом он был перезахоронен в Донском монастыре); профессора медицины В. М. Котельницкого (1770–1844); профессора математики Н. Е. Зернова (1804–1862; перезахоронен на Ваганьковском); терапевта, кардиолога Г. И. Сокольского (1807–1886); профессора анатомии Д. Н. Зернова (1843–1917), опровергнувшего в свое время теорию итальянского психиатра Чезаре Ломброзе о врожденной склонности к преступлениям у некоторых людей; первой женщины-профессора этнографии в России В. Н. Харузиной (1866–1931).
Были там могилы и нескольких деятелей культуры: композитора И. А. Саца (1875–1912; перезахоронен на Новодевичьем), писателя И. С. Серова (1877–1903), москвоведов П. В. Шереметьевского (ум. в 1903) и В. К. Трутовского (1862–1932).
Многие так и остались лежать на дорогомиловском берегу. Лишь немногих из них перезахоронили. Впрочем, теперь там, скорее всего, не осталось и тех, кого не позаботились перезахоронить в 1940–50 годы. Потому что из всех ликвидированных в Москве кладбищ, Дорогомиловское оказалось самым застроенным впоследствии. Значительная часть его территории теперь под домами. И, естественно, при строительстве этих «ампирных» гигантов все остававшиеся там кости были выбраны вместе с грунтом экскаватором и вывезены неизвестно куда.