19 декабря 1999 г.
в России в установленный срок состоялись очередные выборы в Государственную Думу. Большинство мест в парламенте вновь завоевали коммунисты, чуть меньшее количество голосов получили представители проправительственного блока «Единство». Пятипроцентный барьер преодолели ещё четыре объединения. В целом же состав Государственной Думы оказался менее оппозиционным президенту и правительству, чем состав Думы второго созыва (1995).После успеха проправительственного блока на парламентских выборах Ельцин принял решение о передаче своих полномочий председателю правительства В. В. Путину (31 декабря 1999 г.). На выборах, которые состоялись 26 марта 2000 г.
, в первом же туре президентом был избран В.В. Путин.С самого начала работа президента облегчалась тем, что впервые за время существования парламентаризма в России он получил возможность почти гарантированно проводить нужные ему решения через Государственную Думу, опираясь на верные ему фракции «Единство», «Народный депутат», а также на демократов (СПС, «Яблоко»), которые почти всегда голосовали против оппозиционных власти коммунистов и аграриев. В 2001 г. на основе ряда общественных организаций была создана партия «Единая Россия». На политическом жаргоне членов партии «Единая Россия» стали называть «единороссами». Новая партия стала самой крупной фракцией в Государственной Думе. Таким образом, в Думе сформировалось устойчивое пропрезидентское большинство, которое сохранилось и во всех последующих созывах Государственной Думы.
Приоритетным направлением в деятельности президента Путина стало усиление роли государства в политической и социально-экономической сферах. Ослабление Центра в 90-е годы затрудняло проведение в регионах России действенного социально-политического и экономического курса. Насущной стала задача реформирования старой и создания новой «вертикали власти». Президент осуществил ряд реформ по повышению роли государства, укреплению «вертикали власти» и усилению федерализма. В 2000 г. было создано семь федеральных округов: Центральный, Северо-Западный, Северо-Кавказский (вскоре переименованный в Южный (до последующего выделения из него нового Северо-Кавказского округа)), Приволжский, Уральский, Сибирский и Дальневосточный[1]
. Их возглавили представители президента. Семь полпредов в этих округах получили широкие полномочия и были приравнены к вице-премьерам и заместителям главы Администрации президента. Местным законодательным органам субъектов Федерации было предложено привести законодательство в соответствие с Конституцией России. Совет Федерации поначалу открыто полемизировал с президентом, критиковал федеративную реформу, но вскоре согласился с предложениями президента, тем более что Путин в ряде вопросов шёл навстречу губернаторам. В 1994–2000 гг. членами Совета Федерации являлись главы законодательной и исполнительной власти каждого субъекта Российской Федерации. То, что руководители исполнительных органов выступали одновременно членами законодательного органа России, противоречило принципу разделения законодательной и исполнительной ветвей государственной власти и создавало немало трудностей в работе Совета Федерации. В 2000 г. были изменены принципы и порядок формирования этого законодательного органа. В соответствии с Законом «О порядке формирования Совета Федерации Федерального собрания Российской Федерации» данная реформа была завершена в декабре 2001 г. Вместо действующих глав администраций субъектов Федерации в Совете Федерации стали заседать представители законодательных органов субъектов РФ, а главой верхней палаты вместо Е.С. Строева был избран С.М. Миронов (с 2011 года – В.И. Матвиенко).События на Северном Кавказе.
Параллельно с решением проблем, связанных с укреплением государственности, перед президентом Путиным встала задача стабилизировать обострившуюся с начала 90-х годов обстановку на юге России.В марте 1992 г.
был подписан Федеративный договор о взаимоотношениях между входящими в РФ субъектами. Удалось достичь компромисса и взаимопонимания с Татарстаном и другими республиками. Чечня (Республика Ичкерия – президент Джохар Дудаев), выйдя из состава Чечено-Ингушской республики, взяла курс на полное отделение от РФ. Конфликты на Кавказе привели к тому, что поток беженцев устремился в другие районы России.