В декабре 1994 г. в Чечне начался военный конфликт. Власти России использовали армию для свержения режима Д. Дудаева, что привело к многочисленным человеческим жертвам, усилило внутреннюю политическую и экономическую напряжённость. В 1996 г. война в Чечне, несмотря на проходившие переговоры о её прекращении, продолжалась. В апреле погиб Джохар Дудаев, и руководство Республикой Ичкерия перешло к З. Яндарбиеву. В мае Б.Н. Ельцин провёл с ним переговоры о прекращении боевых действий с 1 июня, но договорённость не была выполнена. В августе боевики предприняли новый штурм Грозного. А.И. Лебедь, став секретарём Совета безопасности, получил от президента чрезвычайные полномочия по урегулированию положения в Чечне и добился прекращения войны (так называемые Хасавюртовские соглашения). С декабря 1994 г. по май 1996 г. в Чечне погибли 8 тыс. солдат федеральных войск и 2,5 тыс. чеченских боевиков, а также тысячи мирных жителей.
В январе 1997 г. президентом Чечни был избран А. Масхадов. В мае того же года Ельцин и Масхадов подписали Договор о мире и принципах взаимоотношений между РФ и Республикой Ичкерия. Однако обстановка в этом регионе оставалась напряжённой. Чечня превратилась в оплот терроризма и коррупции.
В августе 1999 г. нападением на Дагестан и рядом крупных террористических актов чеченские боевики спровоцировали начало новой военной кампании на Северном Кавказе. Федеральные войска вновь были введены на территорию Чечни. В течение 2000–2001 гг. антитеррористическая кампания на территории Чечни привела к разгрому основных банд чеченских сепаратистов и исламских наёмников-ваххабитов. Верховный муфтий Чечни Ахмад Кадыров выступил на стороне федеральных сил и в значительной степени способствовал стабилизации обстановки в Чеченской республике. Осенью 2003 г. А. Кадыров был избран президентом Чеченской республики (погиб в мае 2004 г. в результате террористического акта; с 2007 г. возглавляет Чеченскую Республику сын А. Кадырова – Рамзан). Чеченский кризис обострил социально-политическую обстановку в соседних Дагестане, Ингушетии и Кабардино-Балкарии. В условиях сложной социально-экономической ситуации в этих республиках террористические группы, получая финансовую и организационную поддержку международных исламских террористических организаций, пытаются дестабилизировать политическое и социальное положение в этих республиках путём организации террористических актов в отношении представителей власти, полицейских, военнослужащих. Террористическим группам также удалось провести ряд кровавых актов в Москве и на Северном Кавказе.
14 марта 2004 г.
В.Путин был переизбран на пост Президента России на второй срок с большим отрывом от других кандидатов. Убедительной победе Путина способствовало то, что у него не оказалась достойных соперников, а также внушительные результаты первого президентского срока. Это прежде всего достижение определённой стабильности в экономике и социально-политическом положении в стране, жёсткая политика в отношении ряда олигархов, принятие целого пакета стратегических преобразований: судебная, административная, налоговая, земельная реформы. Также произошло существенное обновление политической элиты и, наконец, завершена активная военная стадия антитеррористической операции на Северном Кавказе. В сентябре 2004 г., через несколько дней после террористического акта, в бесланской школе (Северная Осетия) президент Путин объявил об изменениях в политической системе страны. Основным нововведением стал отказ от прямых выборов глав субъектов Российской Федерации. Президент обосновывал данное решение необходимостью усовершенствования политической системы государства, столкнувшейся с опасностью международного терроризма. Также была изменена система выборов депутатов Государственной Думы, которые стали избираться только по партийным спискам. Территориальное представительство в Государственной Думе было упразднено, половина членов Совета Федерации стали назначаться губернаторами, в свою очередь назначаемыми президентом.Второй президентский срок В.В. Путина ознаменовался усилением внимания к социальным проблемам страны. Так, в мае 2004 г. в президентском послании к Федеральному собранию были провозглашены три «национальных проекта»: преодоление бедности, модернизация армии и жилищная реформа. На следующий год глава администрации президента Д.А. Медведев был назначен первым заместителем Председателя правительства и стал отвечать за приоритетные национальные проекты: «Современное здравоохранение», «Доступное и комфортное жильё» и «Качественное образование». За период президенства Путина улучшилось материальное положение большинства российских граждан. Этому способствовал в значительной степени экономический рост в стране, стимулировавшийся благоприятной конъюнктурой цен на энергоносители на мировом рынке. Сказались и плоды рыночных реформ 90-х годов.