Влияние иезуитов резко сказалось на возобновившейся в 1562 г… деятельности Тридентского собора. Собор этот провозглашал принцип всемогущества папской власти. От попыток «реформировать» церковь «в ее главе и членах» не осталось и следа. Дело шло о том, чтобы реставрировать папство в смысле торжества «истинных начал католицизма», как единственной религии, представляющей интересы бога на земле. Отныне не должно быть никакой речи о каких-либо уступках протестантам; всяким сомнениям и колебаниям, что считать ересью, был окончательно положен предел, и так называемому тридентскому исповеданию веры должны были принести присягу все духовные лица и профессора университетов. Авторитет папы был поставлен выше решений вселенских соборов, и «божьему слову», всегда исходящему из уст папы, все должны были отныне беспрекословно повиноваться.
Против непокорных же действовал суровый меч инквизиции, не только каравший «преступников», но и предупреждавший «преступления». Таким предупреждением являлось изъятие из употребления запрещенных книг, указанных «Индексом». Чтобы обеспечить деятельность папской цензуры, папой Пием V (1566–1572) была создана в 1571 г. специальная конгрегация «Индекса» под председательством самого папы. Эта конгрегация просуществовала в своем первоначальном виде до 1917 г., когда она передала свои функции так называемой конгрегации святой инквизиции, учрежденной еще в 1542 г. Последнее издание «Индекса» относится к 1934 г., когда он был составлен по распоряжению Пия XI. Последнее издание «Индекса» было предпринято в 1948 г., в понтификат папы Пия XII. С. Г. Лозинского к этому времени уже не было в живых.
Каждое новое издание «Индекса» пополнялось «свежим» материалом; старый иногда из него выпадал: папство делало уступку «духу времени». Так, исчез из «Индекса» Галилей, ибо папство, по-видимому, уже примирилось с идеями Галилея. Живущие авторы, под угрозой церковных наказаний, должны подчиниться требованиям «Индекса» и отказаться от своих книг, попавших в него.
В «Индексе» значились Декарт и Мальбранш, Спиноза и Гоббс, Локк и Юм, Савонарола и Сарпи, Гольбах и Гельвеций, Вольтер и Руссо, Ренан и Штраус, Тэн, Минье, Кинэ, Мишле, Золя, Флобер, Жорж Санд, Стендаль, Виктор Гюго, Лессинг, Прудон, Мицкевич, Метерлинк, Анатоль Франс, ряд энциклопедий, в том числе знаменитая Энциклопедия великих французских просветителей, почти все произведения которых были занесены в «Индекс». На страницах «Индекса» встречаются имена и духовных лиц католической религии: так «История древней церкви» (русский перевод, 1908) известного французского епископа Луи Дюшена (1843–1922) попала в число запрещенных книг, равно как все работы священника Альфреда Луази. Под особую защиту «Индекс» берет дьявола и ведьму, и потому Мишле и множество других авторов, писавших о дьявольщине, не избежали «Индекса» фигурируют в нем и те католики, которые критиковали принцип непогрешимости папы. Имя «старокатолика» проф. Игнатия Деллингера «украшает» страницы «Индекса».
Мало того, в число запрещенных книг попадали даже такие, которые в свое время были одобрены высшими представителями церкви или иногда даже были написаны папами. Так, на «Примечания к Новому завету» Эразма Роттердамского был наложен запрет, хотя до издания «Индекса» книга эта рекомендовалась рядом епископов и архиепископов. Запрещенным оказался проект улучшения церкви, выработанный еще в 1538 г. специальной комиссией, председателем которой был кардинал Караффа, будущий папа Павел IV. Оказалась под запретом и «Такса святой апостольской канцелярии», представлявшая прейскурант отпущений и диспенсаций, которые продавались папством всем желавшим очиститься от грехов и преступлений.