Французская буржуазная революция, последовательно уничтожая феодализм, одновременно для выполнения этой задачи разрушала и католическую церковь. Духовенство владело во Франции 10 процентами обрабатываемой земли. Около 3000 высших священнослужителей были выходцами из дворянства и идентифицировались с ансиенским режимом. Занятие епископских кресел рассматривалось исключительно как привилегия придворной аристократии. Таким образом, социальные противоречия были достаточно острыми и в среде духовенства.
Из состоявшегося в 1789 году сословного собрания Франции 149 священников и 4 епископа, в том числе аббат Сийе и Отюнский епископ Талейран, присоединились к революционному учредительному национальному собранию. Церковное (духовное) сословие добровольно отказалось от сословных привилегий. Национальное (законодательное) собрание 2 ноября 1789 года проголосовало за предложение Талейрана о секуляризации владений и состояния католической церкви и об установлении духовенству государственного жалованья. В феврале 1790 года пришел черед роспуска монашеских орденов. 12 июля 1790 года национальное собрание приняло закон о конституции французской национальной церкви (Constitution civile). В соответствии с этим документом число епископств было сокращено со 134 до 83; при этом назначение епископов доверялось выборным государственным органам. Тем самым французская церковь была отделена от Рима.
Однако до тех пор, пока не прервались дипломатические контакты (май 1791 года), Пий VI проводил по отношению к Французской революции политику выжидания и увещеваний. Он действительно оказался совершенно растерянным перед лицом революционных событий. И даже присягание французского духовенства Constitution civile он запретил только спустя год, когда значительная часть духовенства уже совершила акт присяги. В своем послании от 13 апреля 1791 года Пий VI объявил революцию несовместимой с верой и принадлежностью к церкви. Вследствие этого французская церковь раскололась: одна ее часть — сторонники конституции — принимала новую систему, а другая часть, консервативная, сохраняла верность папе. Когда революция стала носить более радикальный характер, церковь, занимавшая враждебную ей позицию, была подавлена административными средствами. Папа — хотя и отлучил от церкви Талейрана — сам никакого влияния на ход событий не мог оказать. На папские проклятия и отлучения революция ответила тем, что в сентябре 1791 года она окончательно присоединила к Франции Авиньон и графство Венессен, являвшиеся владениями папы.
Во время якобинской диктатуры борьба против феодальной церкви трансформировалась в борьбу против католической религии. Около 40 000 священников вынуждены были из-за преследований оставить Францию и стали решительными приверженцами организующейся международной контрреволюционной коалиции. Теперь стало ясно, какими трагическими последствиями для слуг алтаря обернулся союз трона и алтаря. Революционная диктатура отправила 21 января 1793 года на гильотину Людовика XVI. Пий VI отслужил в Риме траурную литургию и объявил казненного монарха мучеником католической веры. Тем самым папа снова ангажировал себя на стороне прошлого, казненного вместе с королем.
Революционная чрезвычайная ситуация вынудила Пия VI создать для разработки и согласования своих политических шагов самостоятельную куриальную организацию. Так, в 1793 году на временных основах было создано папское министерство иностранных дел — Конгрегация чрезвычайных дел, во главе которой стоял кардинал-государственный секретарь. Резиденцией Конгрегации был Ватикан, и среди ее членов находились такие кардиналы, которые, функционируя до этого в роли нунциев, были отлично знакомы с дипломатической деятельностью.
Важным распоряжением Директории, означавшей расширение буржуазного развития и господство буржуазии, было принятие в 1796 году закона о свободе совести (свобода вероисповедания). Взаимоотношения между папством и Французской Республикой от этого не стали лучше — ведь папы до этого отвергали мысль о свободе вероисповедания. Более того, именно начавшиеся в период Директории захватнические войны привели к непосредственному конфликту между Римом и Парижем.
Руководителем контрреволюционной реакции, направленной против Французской революции, была на континенте Австрия. Полководец революции Наполеон Бонапарт, следуя вековой практике, завоевав Италию, нанес удар по могуществу Габсбургов. В ходе своего первого итальянского похода 1796 года Наполеон в нескольких сражениях разбил австрийцев, отобрал у них Северную Италию и вторгся также на территорию Церковного государства. В соответствии с июньским Болоньским перемирием папа в 1796 году отказался от Болоньи, Феррары и передал французам Анкону. Наряду с этим он обязан был выплатить 21 000 000 скудо контрибуции; кроме того, победители захватили и увезли с собой в Париж несколько сот бесценных произведений искусства.