В 1799 году во Франции Наполеон в качестве первого консула путем государственного путча захватил в свои руки власть. Диктатор, бывший в религиозном отношении совершенно равнодушным человеком, признал роль религии и церкви в консолидации буржуазного строя, в ликвидации революционной ситуации. Для укрепления своей собственной власти он использовал то обстоятельство, что и буржуазное общество не может долго обходиться без религии. Признаком сближения явилось то, что в заключенном в 1801 году Люневильском мире Наполеон сделал возможным восстановление Церковного государства в толентинойских границах. О готовности Наполеона к соглашению свидетельствовала и его речь, произнесенная в мае 1800 года перед миланским духовенством, в которой он четко охарактеризовал религию и церковь как основу консолидации, как залог порядка и спокойствия. Новым жестом с его стороны было предоставление возможности трем тысячам французских священнослужителей-эмигрантов вернуться на родину. Для стремившегося к самодержавию и к окончательному «закрытию» буржуазной революции Наполеона консервативные церковь и духовенство были явными союзниками. Как реально мыслящий политик, Бонапарт понимал, что за долгие столетия своего существования католицизм глубоко пропитал народные массы и общество. И в интересах укрепления политического строя он искал согласия с ним.
В то же самое время и со стороны папы наличествовала готовность к компромиссу. Пий VII с самого начала был сторонником соглашения и проявил умеренность по отношению к новой европейской великой державе. Он стремился к тому, чтобы включить католическую церковь и папство в новые рамки, созданные буржуазными преобразованиями. Пий VII хотел избежать того, чтобы вместе с обреченным на гибель прошлым сгинула бы и церковь.
В результате взаимного сближения в ноябре 1800 года в Милане начались переговоры о конкордате. Хорошей основой для них явилось то обстоятельство, что папа принял к сведению секуляризацию церковной собственности и признал за первым консулом (Наполеоном) право назначения епископов. После этого сам Консальви поехал в Париж для ведения переговоров с Наполеоном.
15 июля 1801 года в Париже был подписан французский конкордат. Договор скрепили своими подписями Жозеф Бонапарт и Консальви. Конкордат явился победой папства над галликанскими французскими епископами и в то же время «входным билетом» папства в буржуазное общество. Состоявший из 17 статей конкордат восстанавливал, с одной стороны, светскую власть папы на оставшейся территории Церковного государства, а с другой — союз государства и церкви во Франции. Конкордат признавал католицизм господствующей религией, религией решающего большинства французов (но не государственной религией). Он обеспечивал и регулировал свободу отправления религиозных обрядов. Закреплял рационально реорганизованную во время революции церковную структуру, создание шестидесяти епископств, соответствующих департаментам. В отношении заполнения епископских мест в конкордате было сказано, что новые епископы назначаются первым консулом в течение трех месяцев, после чего они утверждаются папой (как это и было до революции). Вновь назначенные епископы вручают свою присягу первому консулу. Прочие священнослужители назначаются епископом; духовенство получает жалованье от государства. Первый консул пользуется теми же правами по отношению к Святому престолу, какими раньше обладал французский король. Желая положить конец расколу французской церкви, конкордат распорядился об отставке всех епископов. Однако 39 епископов из 92 не пожелали уйти в отставку и осудили капитулянтство папы. Эти епископы были лишены Пием VII своего сана.
В конечном итоге конкордат спас французскую католическую церковь от гибели, восстановил ее иерархию, а Французская Республика признала папство. Желая снискать расположение глубоко религиозного крестьянства, составляющего большинство граждан, Наполеон договорился с церковью, причем таким образом, что церковь снова была поставлена на службу государству, стала зависимой от него. Последнее Наполеон обеспечил прежде всего тем, что, несмотря на протест папы, он односторонне дополнил конкордат еще 27 так называемыми органическими статьями. Эти статьи вновь сформулировали галликанские права в соответствии с новой ситуацией. Но это не нарушило примирения и сложившегося по основным вопросам компромисса. В пасхальное воскресенье 1802 года кардинал Капрара, папский легат, торжественно отслужил благодарственный молебен в соборе Парижской богоматери.