Тогда папа заключил союз с враждебными французам Австрией и Неаполем. Наполеон снова одержал победу и глубоко вторгся на территорию Папской области. По условиям заключенного 19 февраля 1797 года в Толентино мира, хотя папу и не удалось принудить к признанию конституционной французской церкви, значительной доли своей светской власти он был лишен. Пий VI вынужден был отказаться от Авиньона и Венессена, а также от трех захваченных французами легаций: Болоньи, Феррары и Равенны и от портовой гавани Анконы. Папа заплатил 15 000 000 скудо контрибуции, и новые произведения искусства перекочевали во Францию.
В конце декабря 1797 года во время возникших в Риме уличных беспорядков папские телохранители открыли огонь по толпе и смертельно ранили французского генерала Дюфо. Возмездие не заставило себя долго ждать: 15 февраля 1798 года французская армия под предводительством генерала Бертье захватила Рим. Римляне провозгласили республику, а папа был лишен светской власти. (Затем Римская Республика в конце февраля присоединилась к Франции.) Папские телохранители и швейцарская гвардия были разоружены. Старого и больного (восьмидесяти одного года) папу арестовали, и через Сиену, Флоренцию, а потом Гренобль он был доставлен в марте 1799 года в крепость Баланс, где в конце августа и умер. Однако перед своей смертью он наделил кардиналов особыми полномочиями по избранию нового папы.
Казалось, вместе со смертью сосланного и заточенного в тюрьму папы погибло и само папство. Римом владела Французская Республика, кардиналы же либо были разбросаны по разным краям, либо попали в тюрьму. Однако поражение и унижение явились источником новых сил: через год-два выяснилось, что и буржуазное общество нуждается в религии, а следовательно, и в церкви и папстве.
Созыв нового конклава в Римской Республике был невозможен. В соответствии с завещанием Пия VI выборы должны быть проведены там, где находилось наибольшее количество кардиналов. В 1799 году неаполитанская, австрийская и русская армии выбили французов из Италии, столица пап оказалась оккупированной неаполитанцами, и те реставрировали там монархию. Наконец, новый конклав собрался в находившейся под австрийским владычеством Венеции. 30 ноября 1790 года в монастырь Святого Джорджо Маджиоре на конклав явились 35 из 46 кардиналов, чтобы избрать из своей среды нового папу. Безопасность конклава обеспечивали австрийцы; они же финансировали и его расходы. Кардиналы заметно находились под австрийским давлением. Наряду с присутствовавшим на конклаве кардиналом Баттяни интересы венского двора представлял в первую очередь Сомбатхейский епископ кардинал Герцан.
В результате трехмесячного совещания папой был избран на компромиссной основе ставленник австрийской партии бывший монах-бенедиктинец, епископ из Имолы кардинал Барнаба Чиарамонти, взявший имя Пия VII (1800–1823). Однако новый папа не оправдал надежд австрийцев. Он не присоединился к контрреволюционной коалиции, а явился сторонником выработки модус вивенди, основанного на реформировании отношений с французами и на буржуазных преобразованиях. Еще будучи епископом Имолы, он тоже не спасся от захватившего город Наполеона, но тем не менее искал возможности согласования и координации буржуазного строя, демократии и христианства.
Своим статс-секретарем Пий VII выбрал несомненно способного политика кардинала Консальви. Новый папа освободился от опеки австрийцев и 3 июня 1800 года в сопровождении торжественного эскорта из венгерских гусар въехал в Рим. В качестве программы своего понтификата он назвал реставрацию Церковного государства, реорганизацию центрального управления церковью и, наконец, упорядочение отношений с французской церковью.