Папа обосновывал свое верховенство над христианской Европой необходимостью концентрации сил христианства для возвращения Святой земли, что было возможно, по его утверждению, осуществить лишь под руководством церкви. Однако IV крестовый поход (1204), инспирированный самым могущественным папой средневековья, был направлен как раз не против язычников, а против отколовшихся христиан. С завоевательных войн постепенно слетала обманчивая идеологическая оболочка. Целью IV крестового похода первоначально было, разумеется, отвоевание Святой земли. Но во времена Иннокентия на передний план вышел также вопрос осуществления унии с греко-восточной церковью. В такой атмосфере нетрудно было обратить войско крестоносцев, стремящихся к грабежу против схизматиков. Закулисной пружиной нового завоевательного авантюрного похода стала Венеция. Богатый торговый город-республика формально еще находился под владычеством Византии. Для Венеции Византия являлась торговым соперником на Средиземном море. Для устранения такого соперника и с целью обеспечения гегемонии Венеции в восточной части Средиземного моря венецианский дож Энрико Дандоло решил повернуть войско крестоносцев, шедшее на Иерусалим, на венгерские города в Далмации (Зара), а затем и против Византии. После длительной осады в 1204 году крестоносцы заняли тысячелетний оплот греческой культуры и в результате трехдневного грабежа и убийств почти полностью уничтожили город. Византийская империя оказалась оттесненной на узкую полосу Малой Азии и зажата между латинскими христианами-рыцарями и турками. Рыцари-грабители создали Латинскую империю, которая на протяжении полувека обеспечивала возможности для систематического ограбления Балкан. Церковь и папа могли быть довольны: новый, латинский, патриарх Константинополя возвратился в лоно католической церкви. А Венеция захватила огромные военные трофеи.
Крестовый поход, направленный против христиан, показал, насколько искаженной в течение века оказалась идея, мотивированная в свое время явно искренними религиозными чувствами. Пожалуй, самым непривлекательным моментом понтификата Иннокентия III следует считать организацию в 1212 году не рыцарями-грабителями, а безумствующими фанатиками крестового похода детей. Это было не чем иным, как крайне жестоким средством избавиться от перенаселенности. Обреченные дети уже по дороге погибали тысячами. Часть детей была погружена на корабли, якобы для перевозки на Святую землю, но организаторы похода отдали их в руки морских пиратов, которые продали их в рабство. Часть устремившегося из Германии в Италию детского войска папе удалось завернуть домой.
Иннокентий III обеспечил папству неограниченную власть в церковной администрации. Это продемонстрировал IV Лагеранский вселенский собор (11–30 ноября 1215 года), который стал вершиной и итогом правления Иннокентия. В Латеранский дворец прибыло около 500 епископов, 800 аббатов и представителей государей. Среди участников были также патриархи Иерусалимский и Константинопольский. Совещанием руководил лично сам папа-правовед. Вселенский собор выработал 70 канонов, главным образом о реформе церковной жизни, о вопросах веры, церковного права и церковной дисциплины, о святой мессе и отпущении грехов. Было также принято решение, запрещающее создавать новые монашеские ордена. Принято постановление о борьбе с ересями, распространившимися на Балканах, в Северной Италии и Южной Франции, с богомилами, патаренами, альбигойцами и вальденсами. В 3-м каноне наряду с поддержкой крестовых походов против еретиков были возведены в церковный закон папские распоряжения по созданию инквизиции. И наконец, собор призвал на борьбу за возвращение Святой земли путем создания союза (унии) между христианами и объявления нового крестового похода.
Борьба против еретиков представляла собой одну из основных задач средневекового папства — ведь они угрожали единству церкви. Еще III Латеранский вселенский собор 1179 года осудил вальденскую и альбигойскую ереси, но крайние меры против них были предприняты лишь при Иннокентии III. Корни средневековых ересей восходят к временам григорианских реформ, когда внутри церкви появились также радикальные ростки движения за реформы, которые были направлены против церковной иерархии. Появившийся в XI веке радикализм еще удавалось успешно подключать к осуществлению программы реформатского папства.