Со смертью Генриха VI в 1197 году рухнуло германское владычество в Италии. Для Иннокентия III это наряду с возвращением провинций, утерянных Церковным государством, означало также возможность территориального расширения своих владений. С успехом использовав в этих целях антигерманские чувства итальянцев, Иннокентий восстановил свою власть над Романьей (возвратив себе Равенну), вновь овладел Анконой (Маркой). В результате включения герцогства Сполето (Умбрии) территория Папского государства стала намного компактнее. Иннокентию, наконец, удалось наложить свою руку и на столь долго оспариваемое наследство Матильды. Папа успешно реализовал свои сюзеренные права и в отношении Сицилии и Южной Италии. Влияние его особенно укрепилось при вдовствующей королеве Констанции. Когда в 1198 году королева скончалась, она оставила завещание, согласно которому Иннокентий III стал регентом Сицилии и опекуном малолетнего Фридриха II. Во времена понтификата Иннокентия III папство прочно закрепило за собой наряду с Патримониумом Святого Петра земли Анконы, Сполето и Радикофано (так называемое наследство Матильды). Однако на длительный срок удержать за собой территории Романьи, Болоньи и Пентаполя не смог даже он, хотя и эти территории считались принадлежавшими Церковному государству.
Иннокентий считал себя не только наместником Христа, но и главой христианского мира. Он вмешивался в каждое важное событие своей эпохи, брал на себя роль всемогущего арбитра по сохранению или восстановлению Богом данного строя. Иннокентий III утверждал: во главе каждой отдельной страны стоят короли, но над каждой из них восседает на троне Святой Петр и его наместник — папа, который будучи сюзереном, жалует императорство. Свои устремления такого характера папа легче всего смог реализовать в Германии, где бушевала гражданская война. В 1198 году князья избрали даже двух королей: Филиппа II (Швабского) и Оттона IV (Гогенштауфена). Папа поддержал Отгона, ибо от него получил самые широкие обещания уважать папские привилегии. После убийства Филиппа на арене остался только Оттон, которого папа в 1209 году короновал императором. Но после того как Оттон IV нарушил соглашение, заключенное с папой, Иннокентий в 1210 году отлучил его от церкви. Под влиянием звонких золотых папы князья также низложили Оттона, и его место занял в 1212 году шестнадцатилетний сын Генриха VI, находившийся под опекой папы Фридрих II.
Иннокентий III вмешивался во внутренние дела и других стран. Увенчались успехом его попытки установить ленные связи с Англией. Английский король Иоанн Безземельный, ввязавшийся в бесперспективную войну с французами, для спасения своего трона ждал помощи от папы в борьбе с французами и собственными дворянами. Иннокентий взял на себя эту роль, взамен чего английский король в 1213 году объявил свою страну папским леном и взял на себя обязательство выплачивать налог по 1000 марок в год.
Над распространением ленной власти пап Иннокентий с большим или меньшим успехом трудился повсеместно по всей Европе, но главным образом в Арагоне, Португалии, Дании, Польше, Чехословакии и Венгрии. Иннокентий III не раз вмешивался в борьбу за трон венгерских королей из дома Арпадов. Когда будущий король Андраш II был еще герцогом, папа под угрозой отлучения от церкви обязал его возглавить крестовый поход в Святую землю. Когда король Имре завоевал Сербию, папа поддерживал венгерскую экспансию на Балканах, потому что ожидал от Имре ликвидации тамошних ересей (богомилов[24]
и патаренов).