Светская власть охотно предложила папской церкви свою вооруженную помощь для расправы с еретиками. Во время понтификата Иннокентия III получило широкое распространение выявление еретиков и осуждение их церковным судом, но с помощью светской власти. В принципе инквизиция всегда существовала в церкви. Первоначально она означала не что иное, как сохранение в чистоте догматов веры и исключение из церкви погрешивших против них. Эта практика была закреплена начиная с XIII века. В связи с тем что в средние века церковь и религия стали общественными факторами, нападки на них расценивались одновременно и как нападки на государство и общественный строй. Правовые и организационные начала средневековой инквизиции были разработаны папой Александром III на соборах 1162 года в Монпелье и 1163 года в Туре и изложены в документе, где было указано, как следует обращаться с еретиками. До средних веков действовал принцип, согласно которому еретиков следовало не истреблять, а убеждать. Начиная с этого времени церковники должны были выступать против еретиков, даже не предъявляя им обвинения в служебном порядке (ex officio). Теологи и правоведы разработали принцип о том, что ересь тождественна оскорблению высшей власти (оскорблению величества) и поэтому подлежит наказанию государством. В 1184 году на соборе в Вероне Луций III издал декрет, начинающийся со слов «Ad abolendam», направленный против еретиков. Духовенству вменялось в обязанность не только выдвигать обвинения в ереси в случаях, ставших им известными, но и проводить процесс расследования (inquisitio). Присутствовавший на соборе император Фридрих I возвел церковное проклятие еретикам в имперский закон; тем самым еретики подлежали преследованию и со стороны государства. Светская власть объединилась с церковной инквизицией против общего врага. Расследование вели церковники, судебные процессы против еретиков организовывала также церковь, но допрос и исполнение приговоров — грязная работа — возлагались на светскую власть.
Впервые в соответствии с кодексом законов от 1197 года короля Арагона Педру II было установлено, что еретиков надлежит сжигать на кострах. А Иннокентий III, подтверждая в 1199 году ранее упомянутый декрет папы Луция, дополнил его словами о том, что ересь в соответствии с римским правом тождественна оскорблению величества и, как таковая, наказуема смертью на костре. Согласно другому объяснению еретика сжигали на костре потому, что первоначально ересь сравнивали с чумой. Ересь — это чума души, смертельный враг истинной веры, и она так же быстро распространяется, как и настоящая чума. Единственным способом остановить чуму и воспрепятствовать дальнейшему заражению считалось сожжение трупов умерших от чумы и принадлежавших им вещей. Поэтому и против ереси это был единственный способ врачевания. В 3-м каноне IV Латеранского вселенского собора постановление Иннокентия было канонизировано, а император Фридрих II в 1224 году сделал его имперским законом.
Папская инквизиция в окончательной форме сложилась в 1200-х годах. При папе Григории IX касающиеся ее законы претерпели дальнейшие изменения, и наконец в 1231 году была издана папская конституция, начинавшаяся словами «Excommunicamus». Теперь уже наряду с епископскими инквизициями действовали и папские инквизиторы; проведение инквизиции папа поручил новым нищенствующим орденам. Особенно детально положение об инквизиции было разработано доминиканцами. Развертывание папской инквизиции было ускорено главным образом конституцией Иннокентия IV 1252 года, начинавшейся словами «Ad extirpande». В этом документе папа предусмотрел использование при допросах камеры пыток. Создание первого папского суда инквизиции произошло при Николае IV в конце XIII века. Инквизиция была беспощадной. Еретиков — по второе колено — лишали гражданских и политических прав, запрещалось их хоронить, они не имели права на апелляцию и защиту, их имущество подлежало конфискации, а доносивших на них награждали. В этом церковные учреждения действовали сообща со светской властью. В эпоху террора инквизиции, переросшего в массовые преследования, с помощью горевших на площадях городов костров пытались запугать людей и удержать их от любых выступлений против существующего строя.