К политике Иннокентия III возвратился его племянник, папа Григорий IX (1227–1241), который стал таким же непримиримым противником Фридриха II, каким в свое время был Александр III по отношению к Фридриху Барбароссе. Иннокентий в 1206 году сделал своего племянника епископом-кардиналом Остии и Веллетри. В момент избрания папой Григорию IX было уже 80 лет. Однако престарелый папа еще 14 лет стоял во главе церкви. Он скончался в возрасте 94 лет; с тех пор он является «чемпионом» по возрасту в каталоге пап. Увеличение числа пожилых иерархов было связано не только с постепенным ростом средней продолжительности жизни, но и с противоречиями политического характера внутри курии: престарелый папа, по всей вероятности, не мог рассчитывать на продолжительный понтификат, таким образом, это рассматривалось как приемлемый компромисс. Однако Григорий IX «сыграл шутку» над кардиналами. Опираясь на нищенствующие ордена, он хотел осуществить идеи Григория VII. Тесная дружба связывала его со Святым Франциском Ассизским и с орденом миноритов. А в 1227 году, не считаясь с протестами «белого» духовенства, папа предоставил доминиканцам привилегию проповедовать повсеместно. Свои властные требования он подкрепил и правовыми аргументами. Связанный с его именем сборник канонов (Liber Extra) вплоть до Corpus Juris Canonoci 1918 года представлял собой ядро церковных законов.
Столкновение папы, возвратившегося к концепции великих предшественников, с императором было закономерным и неизбежным явлением. Когда Фридрих II начал, по мнению папы, саботировать и откладывать крестовый поход, то он был в 1227 году отлучен от церкви. Обещанный крестовый поход Фридрих II все же в конце концов осуществил в 1228–1229 годах. Это был довольно странный поход: Фридрих скорее с помощью дипломатических ухищрений добился того, что в 1229 году крестоносцы смогли войти в Иерусалим. Странная гримаса истории: христианский император — освободитель Святой земли был отлучен от церкви. Поэтому патриарх Иерусалима подверг интердикту и саму Святую землю (ведь в соответствии с канонами то место, где находится монарх, преданный анафеме, также подпадает под интердикт).
Во время похода выяснилось, почему папа столь настойчиво требовал отъезда Фридриха из Италии: как только Фридрих оставил Сицилию, папа собрал войско, вторгся на территорию Неаполя и вновь заключил союз с Ломбардской лигой против императора. Однако Фридрих внезапно появился в Италии и с помощью хорошо организованной армии выбил оттуда папские войска, а затем одержал победу над ломбардскими союзниками папы. Папа был вынужден признать власть Фридриха II в Италии, а император гарантировал суверенитет Папского государства. Но ни одна сторона не соблюдала условий договора. Фридрих стремился восстановить верховенство своих предшественников над Римом, а папа Григорий снова и снова с успехом раздувал среди немецких князей и феодалов недовольство Фридрихом, который находился то в Палермо, то в Неаполе.
Из-за нового вторжения войска Фридриха II в Папское государство Григорий IX в 1239 году повторно отлучил императора от церкви. Это положило начало последнему столкновению между папами и Гогенштауфенами. В ответ на анафему Фридрих занял все Папское государство. Григорий IX решил привлечь императора, совершившего на него нападение, к суду вселенского собора. Однако император силой задержал и заключил в тюрьму иерархов, пытавшихся попасть на заседание вселенского Латеранского собора, проведение которого было назначено на Пасху 1241 года. Папа оказался бессильным, и ему пришлось отказаться от проведения собора.
В то время как два руководителя христианского мира тратили энергию на взаимную борьбу, христианская Восточная Европа стала добычей татарских орд. Венгерский король Бела IV ни от императора, ни от папы не получал ничего иного, кроме слов ободрения, хотя оба претендовали на вмешательство в дела Венгрии. Григорий IX использовал любую возможность, чтобы способствовать независимости духовенства в Венгрии для противопоставления его власти короля. Королевский декрет, изданный в 1231 году, о продлении действия Золотой буллы 1222 года означал победу церковников над мирянами. Декрет наряду с мерами, предусматривающими защиту церковных владений, отдавал в руки церкви значительную часть правосудия, которое прежде принадлежало государству. Источники противоречий между государством (королем) и церковью носили также экономический характер: находившиеся под защитой короля мусульманские и еврейские купцы — в первую очередь благодаря получению королевской монополии на торговлю солью — играли важную роль в обеспечении экономических и финансовых источников королевской власти. В то же время церковь, расширяя по всей Европе, в том числе и в Венгрии, финансовую и торговую деятельность, стремилась устранить своего опасного конкурента.