В решении спора в пользу церкви основную роль сыграл папа. Григорий IX направил папским легатом в Венгрию с целью обратить в христианскую веру мусульман и евреев Пренестейского епископа Якоба. Поскольку король Андраш II не был склонен к дальнейшим уступкам, папа Григорий IX в 1232 году наложил на Венгрию церковный запрет (интердикт), который ввел в действие 25 февраля 1232 года Эстергомский архиепископ Роберт. Весьма опасный для королевской власти шаг вынудил Андраша отступить. В так называемом Береговском соглашении от 20 августа 1233 года, которое король был вынужден заключить с папским легатом, церковь освобождалась от контроля государства, более того, в определенной степени государство даже подчинялось церкви. Так, наряду с укреплением своих привилегий в области правосудия, духовенство освобождалось от уплаты налогов в государственную казну; евреям и мусульманам запрещалось служить в общественных учреждениях, осуществлять хозяйственную деятельность, их обязывали также носить различительный знак. Место конкурентов, чья деятельность стала невозможной, заняли представители церкви: торговля солью полностью стала их монополией. «Береговское соглашение» показывает, что влияние папы и власть церкви в Венгрии во времена Андраша II были таковы, что страна в определенной степени попала в зависимое положение от папы.
Венгерский король Бела IV, находясь в Загребе, известил папу Григория IX о разрушениях, причиненных татарами, о поражении в битве под Мухом. Престарелый папа оплакал Венгрию, сравнил борьбу с татарами с крестовыми походами в Святой земле и через доминиканцев призвал немецкие земли к крестовому походу. Однако конкретной помощи Беле IV он не предоставил, ибо папство было занято борьбой с Фридрихом II. После татарского нашествия в споре между Белой IV и Фридрихом II о ленных отношениях папа принял сторону Белы. (После битвы под Мухом Бела все же принес присягу Фридриху в том, что станет его вассалом, если Фридрих окажет ему помощь войском. Но так как эта помощь не была оказана, то Бела обратился к папе с просьбой отменить вассальную присягу.)
При избрании преемника Григория IX впервые в истории папства был применен так называемый конклав (от лат. cum clave — запертые на ключ). В 1241 году коллегия кардиналов сократилась в общей сложности до 12 человек, двое из них были у императора в плену, присутствовавшие 10 кардиналов разделились на две партии, одна — проимператорская, а вторая — антиимператорская, партия курии. Вследствие этого ни одна сторона не могла обеспечить своему кандидату необходимое большинство в две трети. Поскольку выборы затягивались, кардиналы были заперты в одну из комнат Латеранского дворца, чтобы таким образом ускорить решение. Лишь под воздействием грубых угроз была достигнута договоренность об избрании престарелого кардинала-епископа Сабины, который под именем Целестина IV продержался на престоле Святого Петра всего две недели.
Кардиналы, чтобы избежать насилия со стороны римлян, собрались на новые выборы в Ананьи. Лишь через два года, в июле 1243 года, произошло избрание генуэзского кардинала Синибальда Фиески, гибеллина по убеждениям; папой он стал под именем Иннокентия IV.
Однако Иннокентий IV (1243–1254) принес разочарование императорской партии, ибо, став папой, он продолжил политику Иннокентия III и Григория IX. В 1244 году, спасаясь от императора, он неожиданно бежал во Францию. В 1245 году в Лионе он созвал новый вселенский собор. Папа жил в лионском монастыре Сент-Жюст, а заседания собора проводил в лионском кафедральном соборе. Основным вопросом, которым занимался собор, был суд над императором, закончившийся 17 июля 1245 года преданием Фридриха II анафеме и лишением его престола. Довольно плохо посещаемый собор принял еще 22 решения: например, о переговорах с восточной церковью по вопросу о воссоединении, об организации крестового похода против татар. (В качестве интересной детали можно отметить, что в соответствии с решением собора папа получил право дарить новым кардиналам шляпу красного цвета.)
После закрытия Лионского собора папа призвал всех своих союзников на борьбу против императора. В 1246 году в Германии в противовес Фридриху были избраны один за другим два антикороля. И в Италии вспыхнули новые столкновения между гвельфами и гибеллинами. Фридриху все же удалось сохранить трон, но в 1250 году перед решающей битвой он неожиданно скончался. Архиепископ Палермский совершил в Апулии отпущение грехов отлученному от церкви императору, лежавшему на смертном одре.