Афинский флот при поддержке всего пяти трирем из Эретрии появился в 499 г. до н. э. Увеличившийся за счет ионийских и милетских кораблей флот приплыл к Эфесу, откуда армия отправилась пешком вверх по течению реки Кузу и через гору Тмолус в Сарды. Артафрен спрятался в крепости, пока союзники занимали нижний город. Дома в Сардах представляли собой тростниковые хижины, или это были строения из кирпичей под тростниковыми крышами; когда какой-то грек поджег один дом, весь город охватил пожар. Оказавшись в огненной ловушке, которая уничтожила знаменитый храм Кибелы на реке Пактол, персидский гарнизон спустился из акрополя и вместе с лидийцами собрался на рыночной площади, через которую текла золотоносная река на Гермскую равнину. Союзники были отброшены на Тмолус, откуда они отступили в сторону моря, но они не успели добраться до Эфеса, потому что в большом сражении были разбиты персидскими новобранцами, которых собрали по различным административным районам к западу от реки Халис три зятя Дария — Даурис, Гимей и Отан. Узнав, что между Эгиной и Афинами началась война, европейский контингент оставил союзников и отплыл на родину. Снова персидская дипломатия сделала свое дело.
Потеря поддержки Афин была более чем компенсирована присоединением греков из Геллеспонта и Византия, большинства карийцев, включая Каун, и киприотов под предводительством Онесила. Царем Саламиса был финикиец Торг, сын Херсиса, сын Сирома (Хирама), сын Эвелфона. Его младший брат Онесил после напрасной попытки убедить Торга поднять мятеж захлопнул перед ним двери и заставил его искать убежища у персов. Из кипрских городов лояльным остался лишь финикийский Амафус, и Онесил держал этот город в осаде, когда получил сообщение о том, что к Кипру приближается огромная армия под командованием Артибия. Просьба о помощи была отправлена ионийцам, которые прибыли со всем своим флотом. Вскоре после этого Артибий высадил свои войска, которые были перевезены из Киликии. Ионийцы отказались отправлять на берег своих моряков для оказания помощи при обороне подвергнувшегося опасности Саламиса, хотя им удалось нанести поражение финикийскому флоту. Сначала сухопутное сражение склонялось в пользу мятежников, Онесил лично убил Артибия. Затем тиран Куриума Стасенор покинул союзников, а за ним последовала знать на колесницах самого Саламиса. Онесил был убит, Торг вернул себе Саламис, а ионийцы вернулись по домам. Брошенные своими союзниками, мятежные киприоты были вынуждены сдаться, хотя город Соли продержался пять месяцев, прежде чем был взят благодаря подкопу (498 до н. э.).
Отсутствие флота в киприотской авантюре дало шанс, которым персы не замедлили воспользоваться. Даурис направился в Геллеспонт и через пять дней овладел пятью важными городами. Затем он нацелился на карийцев, армия которых была разбита у Белых Столбов на реке Марсия, месте их сбора. Интересно отметить, что одним из их вождей был Пиксодар из Синдии, отцом которого был Мавсол, а тестем Сиеннесис, царь Киликии; с тех пор его семье было суждено стать известной. С помощью вновь прибывших греческих союзников карийцы предприняли вторую попытку в Лабраунде в священной платановой роще Зевса Воинств, но потерпели поражение. Затем в Педасе они устроили ночную засаду на проходивших маршем персов, где Даурис встретил свою смерть (497 до н. э.).
Гимей взял мисийский Циус. После отъезда Дауриса из Геллеспонта в Карию Гимей продолжил свое дело и покорил эолийцев Троады (древнее название полуострова на северо-западе Малой Азии, который вдается в Эгейское море к югу от Мраморного моря. —
Гистией убедил Дария, что только он может подавить восстание, но Артафрена было не так-то легко одурачить. Он четко изложил свои подозрения, и бывший тиран бежал на остров Хиос, откуда отправил письма нескольким персам в Сардах, с которыми он ранее обсуждал восстание. Письма показали сатрапу; когда потенциальные мятежники послали ответ, их немедленно казнили. Милет отказался признать своего бывшего тирана, и тот получил ранение, когда попытался силой войти в город. Гистиею ничего не оставалось делать, как отправиться в Геллеспонт и там начать пиратские набеги (495 до н. э.).