Восстание близилось к своему концу, и персидские лидеры пришли к соглашению о том, что теперь Милет можно сокрушить. Все армии были объединены, собран громадный флот из финикийских, киликийских, египетских и недавно обретенных киприотских кораблей. Предоставив милетцам самим защищать себя от сухопутных сил, те греки, которые еще были вовлечены в восстание, собрались недалеко от острова Ладе в проливе перед городом. Половина греков, живших в Азии, была уже подчинена, или они заключили мир, и таким образом мятежники смогли выставить лишь триста пятьдесят три триремы против царских шестисот. Даже среди них встречалось вероломство и малодушие; самоссцы, лесбийцы и — самые последние — хиосцы разбежались по домам, и, фактически, сопротивление на этом закончилось.
Оракул Аполлона в Бранхидах, который еще поколение тому назад раболепствовал перед персами, получил должное вознаграждение за свое поведение; святыня была сожжена, а ее сокровища увезены в Сузы, где бронзовую статую Аполлона стали использовать для украшения местного «музея». Оттуда Аполлон давно уже исчез, но другая добыча сохранилась до наших дней — огромная бронзовая бабка весом около 96 килограммов с ручками наверху и с одной стороны; архаическими ионийскими буквами на ней имеется надпись: «Этот освященный предмет из трофеев Аристолох и Фрасон установили, десятую часть; а Циклес, сын Кидимандра, отлил его».
Аполлон Дельфийский не разделил унижения Аполлона в Бранхидах, и еще одного оракула Аполлона в Магнесии на Меандре миновала чаша сия. Несколько лет спустя Дарий счел необходимым написать царскому чиновнику в этом городе: «Царь царей Дарий, сын Гистаспа, говорит своему рабу Гадатасу: Я узнал, что ты не во всем выполняешь мои приказы, что ты обрабатываешь мою землю, пересаживая плоды с того берега Евфрата [греческий эквивалент арамейского Заречья]. Я одобряю твою цель, и по этой причине тебя ждет большая милость в царском доме. Но ввиду того, что ты пренебрегаешь моей политикой в отношении богов, ты получишь, если не изменишь свое отношение, доказательство моих оскорбленных чувств, потому что ты взял дань со священных землепашцев оракула Аполлона и приказал им копать неосвященную землю, не зная отношения моих предков к этому богу, который сказал всю правду персам».
Милет был взят благодаря подкопам, и южная его часть была уничтожена; за сожжение Сард последовало возмездие. Большинство жителей мужского пола были убиты, а их женщины и дети увезены в рабство; оставшихся в живых депортировали в Сузы, и в конце концов Дарий поселил их в Ампе неподалеку от устья Тигра. Карийцы в Педасе уже покорились, и в награду им была дарована гористая часть милетской территории. Эцис, сын Силосона, был возвращен финикийцами на место тирана Самоса. Карийцы, которые продолжали держаться до конца, теперь тоже покорились или были приведены к повиновению. Гистией совершал набеги на Атарней за продовольствием, но был вынужден сражаться у Малены; разгромленный и взятый в плен при попытке бежать недавно прибывшим Гарпагом, он был отвезен в Сарды, где Артафрен посадил его на кол.
Перезимовав в опустошенном Милете, следующей весной (493 до н. э.) флот с легкостью взял обессиленные острова Хиос, Лесбос и Тенедос. Каждый из них был оцеплен солдатами, которые, взявшись за руки, прочесывали остров с севера на юг, буквально устроив травлю населения. Мятежные ионийские города на материке тоже были захвачены. Самых привлекательных юношей сделали евнухами на службе при царском дворе, а самых красивых девушек взяли в царский гарем. Города вместе с храмами были сожжены. Затем флот определил точно такое же суровое наказание городам к западу от Геллеспонта, как это уже делала армия. Опустевшие Византий и Халкедон стояли в дыму, хотя Кизик уже пришел к соглашению с Эбаром, который возвратился в сатрапию своего отца Мегабаза Даскилей.