В результате в государстве возникла оппозиционная партия во главе со св. Феодором, резко осуждавшая поведение императора и церковных властей. Феодота пыталась смягчить гнев родственника богатыми подарками монастырю, но преподобный был непреклонен. Тогда император взял Феодора с группой его единомышленников под стражу и после пыток отправил в заточение в Солунь. Однако всюду в пути и в самой Солуни Феодор встречал восторженный прием со стороны верующих. В 797 г. Константин был лишен власти своей матерью Ириной, и свою роль в этом событии сыграла деятельность Феодора; пресвитеру Иосифу, венчавшему Константина и Феодоту, было запрещено священнослужение. Феодор вернулся в свой монастырь, но ненадолго, так как уже в 799 г. нашествие мусульман заставило его перебраться в столицу, где Ирина предложила ему занять место игумена монастыря Студия в Константинополе, откуда и пошло его имя – Студитм и с которым связаны основные труды преподобного на церковном и общественном поприще.
Эти труды принесли монастыю известность среди духовенства и простого народа и создали Феодору огромный авторитет. Вскоре Студия сделался одним из крупнейших монастырей империи, число насельников в нем превышало тысячу. Феодор дал монастырю новый устав, который под именем Студийского в средневековую эпоху был принят многими монастырями Византии и даже Западной Европы, такими, например, как греческий монастырь в Южной Италии. Для России X–XII веков Студийский устав играл почти такую же роль, как для Запада устав св. Бенедикта Нурсийского. Преп. Феодор активно поддержал царицу Ирину в ее борьбе с иконоборцами и продолжал твердо отстаивать православие при иконоборце Льве V Армянине, занявшем императорский престол в 813 г. Согласно преданию, он сказал императору, используя слова св. Павла (I Кор 12:28): «Не нарушай мир Церкви; в нем Бог поставил иных апостолами, других пасторами и учителями, но не упомянул о царях. Оставь Церковь пастырям и учителям».
Известные слова Спасителя «отдавайте кесарево кесарю, а Божие Богу» (Мф 22:21) всегда определяли поведение преподобного по отношению к власти небесной и власти земной. Еще в царствование Никифора I после смерти патриарха Тарасия в 806 г. император обратился к Феодору и Платону с просьбой дать совет относительно кандидатуры нового патриарха и получил от преподобного такой ответ: «Бог даровал христианам два дара – священство и царство, ими же устрояется небесное и земное.
Монастырь Осиос Лукас.
Если хотите доставить нашему царству величайшее блага, то да получит Церковь себе предстоятеля, равного вашей царской доблести», то есть дал понять, что патриарх должен быть независим от светских властей в делах церковных. В этом примером для Студита был Рим; сохранилось много его писем к папе Льву III, где он, в частности, писал: «Так как Петру Христос даровал вместе с ключами Царства Небесного и достоинство пастыреначальника, то к Петру или его преемнику христианским мир должен относиться соответствующим образом». Феодор много сделал для восстановления добрых отношений между Восточной церковью и Западной, способствовал их единству; при этом он является противником византийского цезаропапизма. Это, естественно, вызывало гневную реакцию императора и патриарха, ему послушного.
Чтобы вдохновить гонимых иконопочитателей, преподобный в 814 г., во время царствия Льва Армянина, устроил крестный ход с иконами и с пением: «Пречистому образу Твоему поклоняемся, Благий!», за что после кровавых пыток был заперт в гнилой темнице Метона и томим голодом и жаждой. В 819 г. его полуживого перевели в смирнскую тюрьму, дав предварительно сто ударов. В 820 г. Лев был убит, и императорский трон занял безразличный к христианству Михаил. Он вернул Феодора в столицу, но преподобный предпочел уйти с немногими учениками в уединенное место Акрит, где в 826 г. скончался.