После смерти Александра I с учетом негативного опыта развития отечественных спецслужб в его царствование в 1826 г. Особая канцелярия Министерства внутренних дел была присоединена к Собственной его величества канцелярии и создано, таким образом, Третье отделение Собственной его величества канцелярии.
В течение относительно короткого периода после этого из Третьего отделения и Отдельного корпуса жандармов сложилась целостная структура политического розыска и контроля, что следует считать созданием в России спецслужбы современного типа. Характерными чертами таких спецслужб являются следующие. Во-первых, объективная (с точки зрения нормативно-правовой базы) направленность деятельности на борьбу с такими преступлениями против государства, как шпионаж, коррупция, должностные злоупотребления и проч. Во-вторых, запрещение законом применять при следствии пытку и придание разного рода объективным доказательствам большего значения, чем личному признанию подследственного. Результатом этого стало становление методики ведения следствия и допросов с применением в первую очередь таких методов, как очная ставка, сличение различных показаний, психологическое устрашение подследственного тяжестью возможного наказания, апелляция к его совести и сознательности и т.п. В-третьих, наличие местного аппарата, ведущего оперативно-розыскную деятельность и отслеживающего настроения населения. Сюда следует включить как сотрудников, ведущих эту деятельность гласно, так и секретную агентуру.
В компетенцию Третьего отделения входило: руководство полицией, борьба с революционерами, сектантами и раскольниками; высылка подозрительных людей; управление тюрьмами, в которых находились государственные преступники; наблюдение за всеми иностранцами в государстве.
Аппарат Третьего отделения состоял из пяти экспедиций. Первая экспедиция (секретная) вела непосредственно борьбу с революционным движением в стране, проводила следствие по политическим делам, следила за деятельностью революционных организаций и отдельными революционерами. В ее распоряжении находилась многочисленная агентура. Вторая экспедиция ведала борьбой с религиозными, а также с крупными должностными преступлениями. Она управляла политическими тюрьмами (Шлиссельбургской крепостью, Алексеевским равелином, Петропавловской крепостью). В обязанность третьей экспедиции вменялось наблюдение за иностранцами, проживавшими в России. Четвертая экспедиция вела борьбу с крестьянскими волнениями, пятая, учрежденная в 1842 г., осуществляла цензуру.
Третье отделение подчинялось непосредственно императору. Оно могло затребовать интересующего его сведения у любого министра, генерал-губернатора и губернатора, и те обязаны представить их «незамедлительно». Более того, все начальники губерний и другие лица, знавшие что-либо по вопросам, подведомственным Третьему отделению, обязывались доносить прямо на имя императора. Третье отделение опиралось в своей деятельности на созданный в 1827 г. жандармский корпус.
В 1836 г. царем было учреждено «Положение о корпусе жандармов». Жандармский корпус подразделялся на главное, окружные (всего в стране было 7 жандармских округов) и губернские управления. Главное управление возлагалось на шефа жандармов. В непосредственном подчинении у окружных и губернских управлений находились жандармские команды губернских городов. На жандармские команды и дивизионы возлагалась задача предотвращения запрещенного сбора людей, бунтов и т.д.
По примеру других учреждений Третье отделение ежегодно (с 1826 по 1869 гг.) представляло государю отчеты о своей работе. Каждый из них состоял из двух частей: отчета о действиях Третьего отделения и Корпуса жандармов, а также нравственно-политического обозрения состояния империи. К отчетам прилагались таблицы и ведомости о происшествиях в стране, об иностранцах, численном составе и финансах Корпуса жандармов и Третьего отделения. Основными источниками информации для их составления служили донесения жандармских штаб-офицеров и чиновников Третьего отделения, командируемых во внутренние губернии России и за границу, материалы перлюстрации и агентурные данные, а также доклады губернаторов и министров.
Особенно много работы Третьему отделению доставляли иностранные гувернеры и домашние учителя, въезжавшие в страну. Политическая полиция собирала статистические данные о количестве прибывших лиц этой категории и строго следила, чтобы «оказавшиеся недостойными» не допускались до молодого поколения. Стремясь дать «перевес отечественному воспитанию над иноземным», правительство приняло курс на уменьшение роли домашнего образования и частных учебных заведений. В 1833 г. было издано постановление «О мерах против умножения пансионов»; преподавать в частных училищах могли отныне только российские подданные.