В 63 г. Павел был, по–видимому, оправдан и уехал из Рима. Он вновь посетил церкви в Греции и Малой Азии и, наконец, побывал на западной границе империи — в Испании.
Тем временем римскую церковь постигло большое испытание. Летом 64 г. в столице вспыхнул страшный пожар, из четырнадцати районов города уцелело только четыре, тысячи людей погибли или лишились крова. Народная молва обвинила в поджоге цезаря Нерона; его жестокость и сумасбродство были известны всем. Говорили, что он хотел сжечь Рим, чтобы на пепелище построить новый город Неронополь. Устрашенный император стал искать способ успокоить ярость римлян. Зная, что в городе есть сектанты, именуемые христианами, он объявил их виновниками бедствия. Начались массовые аресты и пытки верующих.
Незадолго до этого в Рим прибыл апостол Петр. Опасаясь за его жизнь, христиане умолили его бежать из города. Но, как рассказывает предание, на Аппиевой дороге он увидел Самого Христа и на вопрос апостола: «Куда Ты идешь, Господи?» Христос ответил: «Иду в Рим, чтобы Меня распяли во второй раз». Петр вернулся и вскоре был схвачен. Казни христиан Нерон превратил в кровавое развлечение для народа. Осужденных бросали на арену цирка на растерзание зверям, их сжигали и распинали.
Исполнилось пророчество Христа: пастырь Церкви — Симон Петр — был связан и отведен на место казни. Он был распят вниз головой в угоду изощренным палачам.
За два года до смерти Петра фанатики убили Иакова, брата Господня. Один за другим уходили из жизни очевидцы евангельских событий. Но как раз в это время земная жизнь Иисуса была описана учеником Петра и Павла — Марком. Он собрал в своем Евангелии рассказы Петра и предания Иерусалимской церкви.
Люди на Востоке умеют хранить устную традицию в течение долгого времени, поэтому слова Христа и события Его жизни были донесены первым поколением христиан в их первоначальной чистоте. Вслед за Евангелием Марка появились и другие Евангелия. Этим маленьким книжечкам предстояло покорить народ и разнести всему миру Благую Весть о Спасителе.
В 66 г. Иудея восстала против Рима. Началась ее четырехлетняя борьба с могущественной империей. По–видимому, в это самое время апостол Павел снова приехал в Рим. В связи с войной к иудеям и христианам относились с подозрением. Вскоре апостола арестовали и отправили в ту же тюрьму, где незадолго до этого находился Петр. Поскольку Павел имел римское гражданство, над ним велось законное следствие. Нам неизвестно, в чем его обвиняли, но Павел знал, что дни его сочтены. Всеми покинутый, он ждал смерти. Римская церковь была разгромлена. Никто не выступил на его защиту. Только врач Лука оставался с ним до конца. Однако апостол не пал духом. «Я знаю, в Кого уверовал», — писал он в Эфес Тимофею. — «Я уже становлюсь жертвой… Подвигом добрым я подвизался… Веру сохранил. А теперь готовится мне венец правды…».
За воротами Рима апостол язычников, благовестник любви и свободы взошел на эшафот. Но преградить путь благовестию было уже невозможно.
Гонение при Нероне было первым серьезным столкновением римской власти с христианами. Впоследствии преследования христиан принимали различный характер, то переходя в настоящие массовые репрессии, то угасая. К примеру, в начале II века император Траян рекомендовал не разыскивать последователей нового учения специально, но непременно наказывать их, если они попадаются. Языческая власть боролась с христианством, карая преимущественно не рядовых верующих, а руководителей церквей. Одним из мучеников стал епископ Антиохийской церкви Игнатий (ок. 35 — ок.107 гг.), за которым закрепилось прозвище
В Риме Игнатий был осужден на смертную казнь. Его бросили в цирк на растерзание диким зверям.