Укрепясь в гетманском сане, честолюбец и корыстолюбец Брюховецкий, конечно, не замедлил проявить свои домогательства, направленные к усилению собственной, то есть гетманской, власти. Во-первых, он пожелал самостоятельно сноситься с соседними владетелями, как это было при Богдане Хмельницком; а прежде всего выхлопотал у царя себе право непосредственных сношений с крымским ханом, обещая отвлечь его от союза с Польшей и склонить на сторону Москвы. Затем он пожелал, кроме казаков, подчинить себе и городское сословие; для чего пытался ограничить его магдебургские привилегии или самоуправление, чтобы облагать мещан поборами в свою пользу; с этой целью самовольно разослал по городам своих агентов, чтобы произвести перепись городского населения и потребовать от мещан выдачи ему данных польскими королями привилеев. Так как главное противодействие ожидало его со стороны духовенства, не подчиненного гетманской власти, то Брюховецкий старался всячески набросить на него тень в глазах московского правительства; особенно обвинял киевских монахов в шатости и пронырстве, а епископа Мефодия в наклонности к латинству и в тайных сношениях с правобережными изменниками. Мефодий со своей стороны платил гетману той же монетой. Он посылал в Москву сетование на данное Брюховецкому разрешение сноситься с ханом, заступался перед Москвой за магдебургские привилегии горожан, внушал ей, что гетману и старшине должны быть подчинены только казаки; денежные сборы от мещан и крестьян должны поступать отнюдь не в гетманскую казну, но в казну государеву на жалованье казацкому войску, а хлебные сборы – на прокормление московских ратных людей, стоявших на У крайне. Мефодий пытался даже устранить Брюховецкого, предлагая на его место Тетерю, который мог бы возвратить Западную Украйну под власть великого государя и скорее помирить Москву со своим союзником ханом. Для этого он вошел с Тетерей в переговоры, о которых доносил московскому правительству, но которые остались бесплодны. Вообще епископ был крайне неудобен для гетмана уже тем, что постоянно сообщал в Москву сведения о состоянии и ходе дел в Малороссии. В феврале 1665 года он лично приехал в столицу и тут подал в Малороссийский приказ докладную записку, в которой обстоятельно доказывал, во-первых, необходимость послать сильное войско для подчинения Западной Малороссии, пользуясь благоприятным для того временем, именно происходившим в Польше мятежом Любомирского; а во-вторых, подробно критиковал планы и меры Брюховецкого, направленные к усилению гетманской власти и к его личному обогащению, и вообще настаивал на точном исполнении договорных статей Москвы с Богданом Хмельницким и его преемниками. И Брюховеций, и Мефодий просили об усилении московских гарнизонов в главных украинских городах. Но гетман имел в виду опереться на них в случае какого движения против себя со стороны непокорных казаков и старшины. А епископ радел при этом о закреплении края за великим государем и советовал, кроме того, для надзора за гетманом держать при нем особого воеводу с тысячью ратных людей, под предлогом его охраны. Гетман же просил назначить к его особе не более сотни московских солдат, и притом в полную его команду.