Воевода старался их разуверить и говорил, что государь нисколько не изволит отнимать у них права и вольности и что злонамеренные люди только хотят их ссорить с гетманом. Духовные лица так разгорячились, что грозили в случае прибытия московского митрополита не пускать его к себе и запереться в своих монастырях. Шереметев выговаривал им за такие непристойные речи и особенно укорял за них Мефодия, напомнив ему, что он поставлен во епископа на Москве Питиримом митрополитом. В заключение воевода отказался принять от них челобитную царю и отпустить с нею в Москву их посланцев. На другой день, после обедни в Софийском соборе, Мефодий подошел к Шереметеву и просил забыть вчерашние непристойные слова; причем ссылался на свое вынужденное в них участие, так как киевские духовные лица ставят ему в упрек московское посвящение во епископа и считают его сторонником гетманского желания о поступлении под благословение московского патриарха. Но воевода обо всем отписал в Москву, и там этот случай значительно пошатнул доверие, питаемое доселе к Мефодию. А потому последующие его доносы на беззаконные грабительские поступки Брюховецкого еще менее производили впечатления, чем до того времени; тогда как всякие коварные сообщения гетмана насчет епископа Мефодия и духовенства, наоборот, встречали в Москве более внимания. Между прочим, гетман доносил о ходатайстве епископа, духовенства и киевского полковника Дворецкого относительно возобновления латинской школы в Киеве, и о том, что сын Мефодия женат на особе, у которой два брата служат при польском короле. Дьяк Фролов, присланный в Киев разведать о положении дел, спрашивал объяснения по поводу сих доносов у П.В. Шереметева. Последний заступился за школу, в которой учатся всяких чинов киевские жители; относительно епископского сына ответил, что он живет с женой в Нежине, а теща его живет в Печерском монастыре и что за ними учинен тайный надзор. В дальнейшем разговоре с Фроловым Шереметев указал, как на местное бедствие, на взаимную вражду гетмана с епископом и духовенством, на великое корыстолюбие гетмана и общую к нему нелюбовь. В этой нелюбви мог лично убедиться Фролов, между прочим, во время праздничного обеда в начале мая в Печерском монастыре, где присутствовали епископ Мефодий, архимандрит Гизель и много духовенства, а также полковник Дворецкий. Когда Фролов предложил выпить за здоровье гетмана, то епископ и некоторые духовные лица решительно отказались от этой здравицы, называя гетмана своим злодеем, а не доброхотом. Киевский полковник Дворецкий, державший сторону духовенства, желая избавиться от гетманских преследований, бил челом, чтобы ему со своим полком быть под начальством воеводы Шереметева, а не гетмана.
Общей нелюбовью к гетману и его враждой с духовенством, также неприязнью жителей к московским воеводам и ратным людям за их поборы и притеснения – всем этим ловко пользовался правобережный соперник Брюховецкого Петр Дорошенко. Утвердясь в старой гетманской резиденции Чигирине, он отсюда рассылал своих агентов с универсалами в Левобережную Украйну и смущал казаков слухами о близком уничтожении их прав и вольностей Москвой с согласия Брюховецкого. Восточное казачество, и без того страдавшее шатостию, волновалось; а в Переяславском полку вспыхнул явный бунт: казаки убили своего полковника Ермоленка, вырубили московский гарнизон и выжгли крепость. Этот бунт был вскоре усмирен войсками, которые были посланы из Киева Шереметевым, а из Гадяча Брюховецким; захваченных коноводов бунта казнили одновременно в Киеве и Гадяче. Однако на левой стороне Днепра казачество местами отложилось от Москвы. Универсалы Дорошенка взволновали и гнездо казачества – Запорожье: противники Москвы взяли верх и выбрали единомышленного им кошевого (Рога); после чего московский стряпчий Косагов со своим небольшим отрядом принужден был уйти из Запорожья. Но Дорошенко не стал хлопотать, чтобы всю Малороссию воротить в польское подданство. Нет, он мечтал о сильном самостоятельном владении, которое равно было бы независимо и от Польши, и от Москвы и находилось бы только в даннических или вассальных отношениях к третьему соседу. Для сего он возобновил попытку Богдана Хмельницкого отдаться под покровительство турецкого султана и вновь воспользоваться всеми силами крымской орды для борьбы с поляками и москвитянами. Когда он объявил свой план правобережной казацкой старшине, та сначала с негодованием отвергла подчинение басурманам. Дорошенко сделал вид, что отказывается от гетманства, и сложил булаву. Тут полковники упросили его вновь взять булаву и быть по-прежнему их гетманом. Он немедленно послал в Царьград бить челом султану о подданстве Малороссии. Последствием сего был султанский приказ хану Адиль-Гераю помогать войском Дорошенку. Хан не посмел ослушаться. Подкрепленный татарами с Нурадином царевичем, Дорошенко двинулся на поляков и под Межибожем разбил Маховского. После того, не встречая отпора, казаки и татары осенью 1666 года рассеялись по Подолии и Галиции, грабили, разоряли и взяли огромный полон.