На место князя Львова воеводой в Киев был послан боярин Петр Васильевич Шереметев (двоюродный брат В.Б. Шереметева и отец знаменитого фельдмаршала), который привел с собой несколько тысяч свежего войска и с успехом начал действовать в смысле умиротворения Малороссии. Татары покинули Дорошенка и ушли в Крым, где в то время происходила перемена хана: хищный, жестокий Мухаммед-Гирей был смещен за свои попытки вести самостоятельную от Порты политику; на его место прислан из Константинополя Адиль-Герай, а потому возбуждавший волнение среди татарской знати и даже неповиновение со стороны некоторых мурз, именно Ширинских. По характеру своему новый хан был способен поддерживать мирные отношения с соседями и потому охотно готов был прекратить враждебные столкновения с Москвой. Но гетман Брюховецкий оказался мало способным водворить мир и спокойствие в своей части Украйны, а тем более воссоединить с нею всю западную часть и вытеснить из последней предприимчивого Дорошенка. Уже самый титул боярина не понравился казачеству, как новость, не соответствовавшая его демократическим стремлениям. Горожане не любили его за попытки отнять у них магдебургские привилеи; а более и более проявлявшаяся страсть к наживе, захват разных маетностей и угодий, в том числе монастырских, и всякие незаконные поборы скоро сделали его нелюбимым со стороны почти всего населения. Стремление к усилению своей власти и наклонность к интригам теперь окончательно обострили его отношения с блюстителем митрополичьей кафедры епископом Мефодием и малороссийской духовной иерархией вообще. Главным поводом к тому послужил вопрос именно об этой кафедре. Брюховецкий во время пребывания в Москве для доказательства своей преданности, под предлогом вящего закрепления Малой России за царем, просил не только прислать воевод с ратными людьми во многие малороссийские города, но также поставить на киевскую митрополию московское духовное лицо; причем он продолжал обвинять киевское духовенство и его школы в наклонности к латинству. На последнюю просьбу московское правительство отвечало уклончиво, обещало подумать и снестись с цареградским патриархом. Оно отнюдь не желало пока возбуждать неудовольствие местной иерархии вопросом о митрополичьей кафедре и отлагало это дело до более благоприятного времени. Однако слух о сей статье переговоров дошел до киевского черного духовенства, и притом в преувеличенном виде, при двусмысленных речах на этот счет самого гетмана. Встревоженное духовенство обратилось к киевскому воеводе. Блюститель митрополии епископ Мефодий, печерский архимандрит Иннокентий Гизель, ректор Братского училища Иоанникий Голятовский, выдубецкий игумен Старушич и другие игумены 21 февраля 1666 года приехали к Шереметеву и заявили ему о своем желании послать в Москву челобитье, чтобы царь не велел отнимать у них старых вольностей и прав, то есть оставил бы за ними право выбирать митрополита и находиться под благословением цареградского патриарха.