В Малороссию пришли к духовным и мирским властям грамоты из Москвы, извещавшие о намерении государя приехать в Киев помолиться угодникам, а наперед себя для приготовления пути послать боярина Ордина-Нащокина с ратными людьми. Дорошенко и Тукальский ловко воспользовались этим известием и распространили такое толкование. Ордин-Нащокин (вообще не любимый в Малороссии) идет с большой ратью, чтобы отдать Киев полякам, а казачество истребить огнем и мечом. Как ни было нелепо это толкование, но оно не замедлило усилить тревогу и волнение умов на Украйне. Особенно встревожился Брюховецкий; не любимый народом, потерявший расположение Москвы, подстрекаемый Мефодием, он счел свое положение отчаянным и совсем потерял голову. И этим обстоятельством также воспользовались Дорошенко и Тукальский. Дорошенко, вообще попрекавший Брюховецкого тем, что он старые казацкие права и привилеи продает Москве, теперь, в подтверждение Мефодиевых разоблачений, сообщил Ивану Мартыновичу, будто московское правительство предложило ему, Дорошенку, и гетманство восточной стороны. Брюховецкий поверил и вошел в заговор с правобережным своим соперником, условившись перебить московских ратных людей в малороссийских городах и отдаться под покровительство Турции; причем подана была надежда, что Дорошенко откажется от своего гетманства и Брюховецкий будет единым гетманом. В январе 1668 года он собрал в Гадяче на тайную раду левобережных полковников: нежинского Мартынова, черниговского Самойловича, полтавского Кублицкого, переяславского Райча, мирогородского Апостоленко, прилуцкого Горленко и с правого берега киевского Дворецкого. Тут гетман убедил их в необходимости начать всеми мерами очищение городов от московских ратных людей, на чем они обоюдно присягнули.
В феврале 1668 года заговорщики приступили к делу. Первый почин взял на себя сам Брюховецкий. Он послал сказать сидевшему в Гадяче воеводе Огареву, чтобы со своими людьми уходил вон из города. У воеводы было всего 200 человек, и притом здесь не было внутреннего замка или крепости, в которой они могли бы обороняться. Воевода подчинился требованию; но ворота города оказались запертыми, и тут казаки бросились на малочисленный московский отряд. После отчаянной схватки казаки одолели: большая часть москвитян была перебита; остальные с раненым воеводой взяты в плен; жену воеводы изувечили и отдали в богадельню. После такого дикого подвига Брюховецкий разослал универсалы, приглашавшие и другие города следовать примеру Гадяча, оправдывая себя мнимыми замыслами Москвы разорить Украйну и истребить ее население. Послал он просьбу и на Дон, призывая встать против московских бояр, которые, вошедши в дружбу с ляхами, будто замышляют истребить также донское казачество; причем грамота указывала на жестокое и незаконное свержение в Москве святейшего патриарха (Никона) и увещевала донцов держаться в единении с «господином» Стенькой (Разиным), начавшим тогда свой знаменитый бунт. Домовитая часть донского казачества не откликнулась на призыв Брюховецкого; зато в малороссийских городах началось восстание против москвитян, и некоторые гарнизоны были истреблены или забраны в плен казаками; например, в Сосницах, Прилуках, Батурине, Глухове, Стародубе. В Новгороде-Северском погиб воевода Квашня после геройской обороны; другие воеводы также мужественно оборонялись и успели отсидеться, как то: в Переяславе, Нежине, Остре, Чернигове. Между тем подоспели подкрепления с князьями Константином Щербатовым и Григорием Ромодановским, которые начали бить казацкие ополчения, разорять села и деревни и осаждать возмутившиеся города. Дорошенко недолго притворялся с Брюховецким и скоро потребовал от него отдачи гетманской булавы. Потерявший голову Брюховецкий обругал соперника и отправил к турецкому султану бить челом о своем подданстве и присылке помощи. По приказу султана в Гадяч явился отряд татар, которые, конечно, дорого обошлись скупому Брюховецкому. Присоединив их к своим полкам, он двинулся против московских воевод. Но по пути ему пришлось встретиться с самим Дорошенком, который переправился на левую сторону и снова потребовал выдать гетманские знаки, то есть булаву, знамя, бунчук и, кроме того, армату и пушки. Брюховецкий думал упорствовать; но собственные его казаки перешли на противоположную сторону и заодно с правобережными принялись грабить гетманский обоз. Сам он был схвачен, приведен к своему сопернику и отвечал молчанием на его упреки; а затем, по знаку Дорошенка, целая толпа набросилась на несчастного и варварски забила его до смерти. Так в июне 1668 года погиб этот честолюбец, показавший много хитрости и ловкости для достижения гетманской булавы, но оказавшийся совершенно неспособным, чтобы удержать ее в своих руках.