Провозгласив себя гетманом всего войска Запорожского, Дорошенко с казаками и татарами двинулся на князя Ромодановского, осаждавшего город Котельну. Ромодановский отступил к Путивлю. Разграбив предварительно скарб Брюховецкого в Гадяче, Дорошенко также пошел к Путивлю; но дорогой пришло к нему известие об измене собственной жены. Казацкий гетман был так поражен этим известием, что оставил войско своему наказному гетману и ускакал к себе в Чигирин. После его отъезда ушли домой и татары, уводя с собой большой полон. Тогда князь Ромодановский снова перешел в наступление на Восточной Украйне и начал освобождать от осады державшиеся в некоторых городах русские гарнизоны. Черниговский полковник Демьян Многогрешный, названный наказным или северским гетманом, не мог ему противостоять, и тем более, что на левой стороне повторилось движение в пользу Москвы – движение, особенно производимое белым духовенством и мещанами. Как ни старались сторонники Дорошенка возбуждать население против московских воевод и ратных людей, однако тягости от последних казались мещанам более легкими сравнительно с насилиями и хищничеством казацкой старшины и полковников; а белое духовенство не сочувствовало стремлениям украинских епископов, архимандритов, игуменов, примыкавших по своим интересам к казацкой старшине. Среди белого духовенства, как выше замечено, особенно усердствовал московскому правительству нежинский протопоп Семен Адамович. Пресловутый блюститель Киевской митрополии епископ Мефодий был захвачен казаками Дорошенка и под стражей отвезен в Чигирин. Соперник его Иосиф Тукальский велел снять с него архиерейскую мантию и заточить в Уманский монастырь. Но Мефодию удалось убежать оттуда в Киев. Тут он попытался воротить себе доверие московского правительства доносами на сношения киевского черного духовенства с Дорошенком и Тукальским. А это духовенство, в свою очередь, выставляло его главным виновником измены, учиненной Брюховецким. Воевода Шереметев, чтобы избавиться от сего беспокойного человека, отослал его в Москву; там его заключили в Новоспасский монастырь, где он и умер.
Демьян Игнатович Многогрешный задумал воспользоваться обстоятельствами в свою пользу, то есть стал домогаться для себя гетманства. Он вступил в переговоры с московским правительством о возвращении в его подданство Восточной Украйны; но при этом просил утвердить за ней права и вольности, которые были установлены при Богдане Хмельницком, и вывести московских воевод. Посредником в сих переговорах явился черниговский архиепископ Лазарь Баранович, который поддерживал его просьбу и умолял царя согласиться на нее ради того, чтобы все казачество не обратилось в мусульманское подданство. С такими просьбами приехало в Москву посольство от Многогрешного и Барановича в январе 1669 года. Но протопоп Адамович извещал о действительном состоянии умов и о том, что ни войско, ни горожане отнюдь не добиваются вывода московских воевод. По решению государя была назначена черная казацкая рада в начале марта в Глухове, куда прибыли и московские уполномоченные: князь Григорий Ромодановский, стольник Артамон Матвеев и дьяк Богданов. Многогрешный и старшина несколько дней препирались с ними о своих правах и вольностях и выводе московских воевод. Наконец, сговорились и подписались на том, чтобы воеводы с ратными людьми оставались в Киеве, Переяславе, Нежине, Чернигове и Остре; чтобы число реестровых казаков было 30 000 с жалованьем по 30 золотых польских в год (а гетману и старшине, конечно, особое приличное жалованье); чтобы взамен частых посланцев гетману иметь в Москве ежегодно сменяющееся выборное лицо; чтобы казацкие дворы были свободны от постоя ратных людей; чтобы гетман, хотя и выборный, не мог быть сменен без царского указа, а резиденцию свою имел в Батурине и прочее. После того рада собралась на площади перед собором и на вопрос, кого хочет в гетманы, выкрикнула Демьяна Игнатовича.
Так смута, учиненная Дорошенком и Брюховецким, только вновь подтвердила неудержимое тяготение Левобережной Украйны к Московскому государству. И Дорошенко, несмотря на свою популярность между казаками, оказался бессильным помешать ее воссоединению с Москвой.