Иван Неронов, узнав о ссылке трех друзей, в свою очередь написал из своего спасо-каменского заточения письмо к царю с ходатайством об осужденных и с мольбой прекратить опасный для церкви раздор. Духовник Стефан, очевидно по желанию благодушного Алексея Михайловича, попытался стать посредником, убеждал Неронова и его друзей смириться и покаяться, обнадеживая в таком случае прощением патриарха. Неронов отвечал обширным посланием, в котором доказывал, что, наоборот, Никон должен покаяться и просить у них прощения. Царь через того же духовника запретил писать к себе. Но упрямый и плодовитый протопоп одно за другим присылал свои полемические письма Вонифатьеву, рассчитывая, что он все-таки покажет их царю, и, кроме того, обращался с челобитьем о ходатайстве за осужденных друзей к царице Марье Ильиничне, которая благосклонно относилась к ревнителям, бывшим членам кружка, и, может быть, немало способствовала тому, что сам царь иногда заступался за них перед суровым патриархом. Видя, что пребывание на Кубенском озере не мешает Неронову сноситься со своими единомышленниками, вести устную и письменную полемику против церковных распоряжений патриарха, распространять ее в народе, Никон велел перевезти его на далекий север и заточить в Кандалакшский монастырь, там держать на цепи и не давать ему чернил.
Так мало-помалу возгорелась борьба между Никоном и прежними его приятелями, то есть ревнителями благочестия. Никон, как почитатель греков и киевских ученых, при исправлении церковных обрядов и обычаев встречает упорное сопротивление со стороны приверженцев русской старины, которые сами проповедуют улучшение народной нравственности и введение церковного благоустройства, но по чистоте православия Московско-Русскую церковь считают выше Греческой и Киевской и отрицают как ересь всякую даже мелочную перемену в установившихся обрядовых и вероисповедных правилах. Это представители крайней охранительной (консервативной) партии, которых выставила старая областная Русь, – люди упорные, стойкие и готовые на мученичество ради своих убеждений. Столкновение, как мы видим, вначале имело по преимуществу личный характер; но скоро перешло на общественную и принципиальную почву и благодаря неуступчивости и нетерпимости обеих сторон крайне обострилось.
Видя, какое охуждение и сопротивление со стороны ревнителей и их единомышленников встречает предпринятое исправление церковных обрядов и богослужебных книг, Никон решил придать этому исправлению авторитет высшей духовной власти, то есть соборной. По его просьбе весною 1654 года царь созвал в Москве Всероссийский церковный собор, под своим председательством, из митрополитов, епископов, игумнов и протоиереев, всего 34 духовных представителя, кроме царских думных людей. Тут Никон предложил ряд вопросов. Прежде всего, он обратил внимание собора на некоторые разногласия в служебниках московской печати с греческими и древними славянскими. Собор постановил исправить служебники согласно с сими последними. Затем шли вопросы о разных обрядовых отличиях русских от греков, например держать ли царские двери отверстыми от начала литургии до великого выхода, вопреки написанным уставам, которым следуют греки? Начинать ли литургию в 7-м и 8-м часу дня, как это у нас делается, или по уставу в третьем часу дня (9-й час пополуночи)? Продолжать ли освящение новых церквей без положений в них мощей свв. мучеников, вопреки правилу Седьмого вселенского собора? И так далее. На все эти вопросы собор отвечал, что надобно поступать по древним уставам, и затем все члены собора подписались под его решениями. Единодушие, господствовавшее на соборе, конечно, поддерживалось личным участием царя и особенно всем известной строгостью и энергией патриарха. Только один из членов собора, именно епископ Коломенский Павел, попытался выразить несогласие с постановлением о поклонах, тем самым постановлением, против которого уже возражали протопопы-ревнители; вероятно, и вообще он обнаружил свое к ним сочувствие. Никон обошелся с Павлом не только сурово, но весьма жестоко. Он заставил его осудить, снял с него архиерейскую мантию, подверг истязаниям и отправил в заточение; после чего Павел Коломенский, как говорят, впал в умопомешательство и погиб неизвестно где и как. Противники Никона не замедлили объявить его мучеником за истинную веру.